Algumas variáveis do nautilus podem e devem ser usadas, elas são:

• $NAUTILUS_SCRIPT_SELECTED_FILE_PATHS - são listados os arquivos com caminhos absolutos e com quebra de linha entre eles. Essa é a melhor variável a ser usada, mas ela tem um problema, não funciona em arquivos que estejam na área de trabalho e só funciona em arquivos locais, ou seja, só funciona em rede smb:// se você montar a pasta da rede usando o mount e o smbfs.
• $NAUTILUS_SCRIPT_SELECTED_URIS - a função dessa variável é idêntica a anterior, com uma diferença, o caminho gerado é sempre no formato file://, smb://, ftp://, http:// etc..., ou seja, ele pode listar qualquer localização no computador, rede ou internet, mas tem um problema crítico, os acentos e espaços são convertidos em códigos, o que impede o seu uso em scripts. Mas porque mencioná-lo? Porque ele é a melhor opção para usar com programas que usem o gnome-vfs, como o gnome-open, Totem, Rhythmbox etc...
• $NAUTILUS_SCRIPT_CURRENT_URI - esta variável contém a pasta atual de execução, equivalente ao comando dirname. Como a primeira variável, essa aqui não funciona na área de trabalho.
• $NAUTILUS_SCRIPT_WINDOW_GEOMETRY - esta variável é de uso obscuro para mim, pois informa a posição e tamanho da janela do nautilus com o qual foi executado o script. A única função que poderia imaginar para ela seria a criação de um script com o xvidcap.

Outras variáveis comumente usadas em shell-script podem ser usadas também, como $@, $1.., $HOME etc... O script é sempre executado na pasta onde você selecionou o arquivo.

Para exemplificar o uso dessas variáveis do nautilus, criei uma pasta e um arquivo dentro dela, ambos com acentos e espaços, veja os resultados:

$ ls -l | grep pasta
drwxr-xr-x   2 lordello users      120 May  1 21:59 pasta com acênto
$ ls -l pasta\ com\ acênto/ | grep arquivo
-rw-r--r--  1 lordello users  47 May 1  22:00 arquivo com espaços e acêntos

Variável $1:
arquivo com espaços e acêntos

Variável $NAUTILUS_SCRIPT_SELECTED_FILE_PATHS:
/home/lordello/pasta com acênto/arquivo com espaços e acêntos

Variável $NAUTILUS_SCRIPT_SELECTED_URIS (*):
file:///home/lordello/pasta%20com%20ac%C3%AAnto/ arquivo%20com%20espa%C3%A7os%20e%20ac%C3%AAntos

Variável $NAUTILUS_SCRIPT_CURRENT_URI:
file:///home/lordello/pasta%20com%20ac%C3%AAnto

Variável $NAUTILUS_SCRIPT_WINDOW_GEOMETRY:
509x550+408+65

(*) Direcionado a variável para o gnome-open o arquivo é aberto normalmente. Testei a abertura de arquivos com acentos e espaços no Totem, Gxine e Rhythmbox, todos abriram normalmente, somente sendo necessário o uso das famosas aspas duplas :-)