Pelo que pude averiguar, só é possível usar atualmente comandos do bash, mas nada impede que você crie um script que carrega outro script em Perl ou Python. E não existe uma pasta global de configuração, então você precisa criá-la.

Para carregar scripts externos em Perl ou Python, você precisa criar um nautilus script com o seguinte conteúdo:

ou:

Você deve fornecer o caminho completo para a localização dele, se lembre que tudo será executado na pasta atual do nautilus, onde você clicou com o botão direito. Se você quiser incluir tais scripts para vários usuários, a melhor opção seria criar uma pasta /usr/lib/nautilus-scripts (ou em qualquer outra localização) e criar links apontando para essa pasta, dentro da pasta do usuário, dessa forma, qualquer alteração nos scripts seria feita apenas uma vez. Por exemplo:

# mkdir /usr/lib/nautilus-scripts
# cp script* /usr/lib/nautilus-scripts
# chmod 0755 /usr/lib/nautilus-scripts/*

Como usuário deve ser executado os seguintes comandos:

$ rm -rf .gnome2/nautilus-scripts
$ ln -s /usr/lib/nautilus-scripts .gnome2/nautilus-scripts