Como iria mesmo instalar Ubuntu Linux no hd0, o Grub que já estava lá seria removido na formatação.

Reiniciei novamente, bootei pelo CD do Ubuntu, formatei e fiz a instalação padrão no hd0.

Como padrão, o Ubuntu instala o GRUB no hd0 (no master); como era essa a idéia mesmo, instalei sem alterações. Como resultado, o GRUB sobrescreveu a MBR do hd0 removendo a configuração anterior e enxergando o Windows do hd1 e escrevendo-o no menu.lst.

A quarta fase é a restauração do backup. É pegar os CDs e DVDs e gravar no micro novamente.

A instalação foi finalizada e as duas instalações invertidas com sucesso. Abaixo segue a imagem do meu meu desktop após a nova instalação. É isso aí, espero ter ajudado.

Abraços.