Simples shell script que embaralha um array.

Exemplo de utilização:

$> vec=( a b c d e f g h )
$> echo ${vec[*]}
a b c d e f g h

$> vec2=( $(shuffle ${vec[*]}) )
$> echo ${vec2[*]}
g b a c e f h d


Funcionou para sh, acredito que também funcione em outros shells. O tamanho do array não pode exceder 32767 pelo uso de $RANDOM.

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#! /usr/bin/sh

array=( $@ )
length=$(echo ${array[*]} | wc -w)
i=0
while [[ $i -lt $length ]]
do
  idx=$RANDOM%$length
  aux=${array[$i]}
  array[$i]=${array[$idx]}
  array[$idx]=$aux
  i=$((i+1))
done
echo ${array[*]}

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