Após a instalação do Counter-Strike 1.6 via Wine, o diretório padrão do wine fica em $HOME/.wine, então o diretório para softwares instalados, será:

~/.wine/drive_c/Arquivos de programas

Sabendo disso, seu Counter-Strike deve ter sido instalado em:

~/.wine/drive_c/Arquivos de programas/Valve

Agora acesse o diretório utilizando o comando cd:

cd ~/.wine/drive_c/Arquivos de programas/Valve

Caso você rode apenas:

wine hl.exe

Note que o Half-Life será aberto e não o Counter Strike. Para abrir o "CS" use:

wine hl.exe -- hl.exe -console -game cstrike -noipx -- -opengl

E bom jogo. :)

Referência: Rodando CounterStrike pelo WINE - under-linux.org