Respondendo eu mesmo a minha pergunta acima:
Ocorreram algumas mudanças no fonte do Nagios durante sua evolução até o 4.0.1, e isto ocasionou alguns erros durante o processo de compilação e instalação do Nagios, no UBUNTU, pelo fonte.
Para o problema do "make-install-webconf" dando mensagem de erro faça o seguinte (prompt root):
Na instalação acrescente "--with-httpd-conf=/etc/apache2/conf-available" para rodar o "make-install-webconf" sem erros e gerar o "nagios.conf" no diretório correto do apache2.
Agora vamos habilitar o "nagios.conf" no apache:
Primeiro: "#cd /etc/apache2/conf-enabled"
Segundo: "#ln -s ../conf-available/nagios.conf nagios.conf" (criando link )
Precisamos também ativar o CGI no apache, caso não esteja (Dica CodeGeo by Benicio Junior):
Primeiro: "#cd /etc/apache2/mods-enabled"
Segundo: "#ln -s ../mods-available/cgi.load cgi.load" (criando link)
Terceiro: "#nano /etc/apache2/mods-enabled/mime.conf" e retirar o comentado (#) na linha "#AddHandler cgi-script .cgi" e salvar.
Agora é so reinicializar o apache.
Durante o processo de instalação, apresenta um erro, após a execução dos comandos abaixo:
"#service nagios start" ou "/etc/init.d/nagios start”
Mensagem de erro: "/etc/init.d/nagios: 20: .: Can't open /etc/rc.d/init.d/functions"
No site Ubuntugeek, tem uma solução que resolve, até o pessoal do Nagios corrigir isto, vamos a ela:
#wget
https://raw.github.com/nicolargo/nagiosautoinstall/master/hack4nagiosstart.sh
#chmod a+x ./hack4nagiosstart.sh
#./hack4nagiosstart.sh
Finalize executando novamente “/etc/init.d/nagios start” para testar.
Caso deseje menos trabalho, e seja menos masoquista do que eu, pode usar a dica de um amigo daqui, o "andrecanhadas" que é simplesmente executar, em um Ubuntu Server com LAMP instalado, "#apt-get install nagios3".
Neste caso, ele praticamente instalará tudo, incluindo as dependências, e também, fará as configurações necessárias, exceto para o problema do "make install-webconf", mas este poderá ser resolvido tranquilamente:
Primeiro (antes de rodar o "#apt-get install nagios3") : "#mkdir /etc/httpd/conf.d" criará um diretório necessário para a instalação gerar o "nagios.conf"
Segundo: (após a instalação no Nagios3): cp -R /etc/httpd/conf.d/nagios.conf /etc/apache2/conf-available
Terceiro: "ln -s ../conf-available/nagios.conf nagios.conf" (criando link )
Após a instalação, é muito fácil fazer o UPGRADE para a versão mais nova, é só seguir na própria documentação do Nagios.
Abs a todos!
Fontes de pesquisa: Vivaolinux