A configuração do 
Ultra Servidor é muito simples, é uma sequência de "dialogs" onde devem apenas ser respondidas as questões:
1. Senha do MySQL:
Nesta tela basta digitar a senha do root do MySQL, conforme configurado durante a instalação.
2. Criar um banco de dados:
Informe um nome de banco de dados que deseja utilizar e ele sera criado automaticamente.
3. Criar um Usuário para o banco de dados.
Agora criaremos um usuário para o banco de dados do passo anterior. Primeiramente deve-se informar o nome do usuário e em seguida a senha do usuário.
4. Ativar os módulos.
Por fim, deveremos indicar quais os módulos serão utilizados nesta instalação, basta utilizar a barra de espaço para selecioná-los e depois ENTER para confirmar.
Obs.: Alguns módulos são inter-dependentes, e o configurador efetua esta checagem. Se você selecionar um módulo que possua uma dependência e a dependência não for selecionada, o configurador lhe indicará qual módulo deverá ser selecionado.
Configuração concluída!
Pronto, o Ultra Servidor está instalado e configurado.
Após pressionar ENTER, o Ultra Servidor será iniciado. A primeira inicialização é mais demorada pois ele criará toda a estrutura do banco de dados.
Há ainda uma ressalva muito importante!
Se ao tentar conectar com Ultra Servidor utilizando o programa Ultra Client você obtiver um erro de CONEXÃO RECUSADA (Connection Refused), pode ser que o seu arquivo 
/etc/hosts esteja configurado incorretamente.
Abra o arquivo com um editor de textos e certifique-se que o(s) ip(s) configurado(s) no servidor estão dentro deste arquivo devidamente associados ao nome do servidor.
Por exemplo, num ambiente com apenas 1 IP (192.168.0.100 por exemplo) e que o nome da máquina esteja definido como "servidor-ultra", você deverá colocar a seguinte linha no /etc/hosts:
192.168.0.100             servidor-ultra
Normalmente este problema ocorre quando você altera o IP no arquivo de interfaces e não altera no /etc/hosts.
Um pequeno parêntese
Vou abrir aqui um parêntese para explicar o seguinte:
O Ultra Servidor foi desenvolvido tentando manter ao máximo os padrões do Debian, então posso citar o seguinte:
-   Ele iniciará automaticamente sempre que bootar o sistema operacional;
-   Será atualizado sempre via "apt-get update"; "apt-get install ultra-servidor" ou "apt-get dist-upgrade";
-   Os logs ficam armazenados em /var/log/ultra;
-   Os logs são "rotacionados" com logrotate;
-   O único arquivo de configuração fica em /etc/ultraservidor/ultraservidor.conf;
-   Para mudar a configuração você pode executar: 
 
 # /etc/init.d/ultra-servidor configure
 
 ou abrir o arquivo de configuração num editor de textos;
 
 
-   Ele aceita os seguintes comandos:
 
 # /etc/init.d/ultra-servidor stop (finaliza o servidor)
 
 # /etc/init.d/ultra-servidor start (inicia o servidor)
 
 # /etc/init.d/ultra-servidor restart (reinicia o servidor)
 
 # /etc/init.d/ultra-servidor status (obtém o status atual do servidor - INICIADO, INICIANDO, FALHA)
 
 # /etc/init.d/ultra-servidor configure (executa novamente o script de configuração)