O Debian 13 teve várias modificações estruturais, mas a que nos interessa no momento é a mudança do sources.list que agora se chama debian.sources e mudou de formato e caminho.
Na página CONCLUSÃO tem maiores explicações.

Antes de atualizar o seu sistema é fortemente recomendado que faça uma cópia de segurança total (backup), ou que pelo menos salvaguarde quaisquer dados ou informações de configuração que não se possa dar ao luxo de perder. As ferramentas de atualização e o processo são bastante confiáveis, mas uma falha de hardware/internet durante a atualização pode resultar num sistema fortemente danificado.

Aconselho a fazer pela rede cabeada, utilize wi-fi somente em último caso.

1- Atualize o sistema atual Bookworm para o último lançamento também Bookworm:
sudo apt update
sudo apt clean
sudo apt full-upgrade

2- Verifique se é a versão 12.11:
cat /etc/debian_version

3- Procurando e removendo pacotes obsoletos e dependências não mais necessárias:
sudo apt list '~o'
sudo apt purge '~o'
sudo apt list '~c'
sudo apt purge '~c'
sudo apt autoremove

4- Procurando e removendo arquivos obsoletos de configuração:
$ sudo find /etc -name '*.dpkg-*' -o -name '*.ucf-*' -o -name '*.merge-error'
Exemplo, mas a saída para você pode ser diferente:
/etc/default/grub.ucf-dist
/etc/default/grub.ucf-old
/etc/ca-certificates.conf.dpkg-old
/etc/samba/smb.conf.ucf-dist
/etc/conky/conky.conf.dpkg-dist

$ sudo rm -rf /etc/default/grub.ucf-dist
e assim por diante com os arquivos listados anteriormente.

5- Abra o terminal
Renomeie o arquivo sources.list:
sudo mv /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.old

Verifique se dentro do diretório não ficou um arquivo de backup criado automaticamente pelo sistema, um arquivo seguido do sinal de til(~):
cd /etc/apt
ls
Caso tiver um arquivo "sources.list~" (com til no final), apague-o:
sudo rm -rf sources.list~
cd

Crie o arquivo:
sudo vim /etc/apt/sources.list.d/debian.sources <<< usei o vim, use teu editor preferido
Na atualização online sempre deixe somente os repositórios básicos, depois, caso quiser, incremente o arquivo debian.sources (veja a sugestão na CONCLUSÃO).

Caso você não tenha no sources.list do Bookworm os non-free-firmware, retire-os do debian.sources, deixe somente "Components: main".

Coloque dentro:

# Arquivo de repositórios para o Debian Trixie (13)

Types: deb
URIs: http://deb.debian.org/debian
Suites: trixie trixie-updates
Components: main non-free-firmware
Enabled: yes
Signed-By: /usr/share/keyrings/debian-archive-keyring.gpg

Types: deb
URIs: https://security.debian.org/debian-security
Suites: trixie-security
Components: main non-free-firmware
Enabled: yes
Signed-By: /usr/share/keyrings/debian-archive-keyring.gpg

Salve e saia.

O primeiro bloco corresponde às duas linhas antigas, por exemplo, do Bookworm:
deb https://deb.debian.org/debian bookworm main non-free-firmware
deb https://deb.debian.org/debian bookworm-updates main non-free-firmware

O segundo bloco corresponde a linha do security:
deb https://security.debian.org/debian-security bookworm-security main non-free-firmware

Caso você não tenha no sources.list do Bookworm os non-free-firmware, retire-os do debian.sources, deixe somente "Components: main".

Caso queira os deb-src (os fontes dos arquivos) basta, em Types, acrescentar: Types: deb deb-src

Como é atualização online de uma versão para outra, não tem necessidade de usar os fontes.

Para entender mais sobre os blocos do debian.sources:
Blocos do formato Deb822

6- Atualização mínima do sistema
Na maioria dos casos, fazer a atualização completa diretamente removerá um grande número de pacotes que poderá querer manter.
Portanto, faremos um processo de atualização em duas partes: primeiro uma atualização mínima para ultrapassar conflitos e depois uma atualização completa.
Durante as atualizações mantive as opções padrões de reiniciar os serviços (caso pedir) e fui somente dando enter mantendo os arquivos modificados localmente e mantendo as versões atuais.

Aconselho a fechar todos os programas/aplicativos/janelas e deixar somente o terminal aberto!

Atualização Mínima
sudo apt update
sudo apt upgrade --without-new-pkgs
Digite S e dê enter.
Aguarde terminar.

Atualização Completa
sudo apt full-upgrade
Digite S e dê enter.

Aguarde terminar, pode demorar de 10 minutos até meia hora (ou mais), dependendo do hardware/internet.

7- Atualize o Debian 13, remova pacotes desnecessários, limpe o sistema e atualize o GRUB:
sudo apt update
sudo apt upgrade
sudo apt autoremove
sudo apt purge ~c
sudo apt autoclean
sudo update-grub

8- Reinicie:
sudo shutdown -r now
Reiniciará sem erros.

9- Verifique a versão:
cat /etc/os-release

PRETTY_NAME="Debian GNU/Linux 13 (trixie)"
NAME="Debian GNU/Linux"
VERSION_ID="13"
VERSION="13 (trixie)"
VERSION_CODENAME=trixie
DEBIAN_VERSION_FULL=13.0
ID=debian
HOME_URL="https://www.debian.org/"
SUPPORT_URL="https://www.debian.org/support"
BUG_REPORT_URL="https://bugs.debian.org/"

Possíveis Erros

Fiz esse procedimento em um notebook Dell Vostro 3550 Xfce com 16 GB DDR3 e core i7 (que já vem desde o Debian 10 Bullseye atualizando online); fiz num PC antigo Cinnamon com core 2 duo e 6 GB DDR2 e fiz num PC Cinnamon com core i9 e 24 GB DDR4.
Todos atualizaram e reiniciaram sem nenhum erro!
Porém, erros muitas vezes acontecem, talvez eu tenha tido sorte.
Um dos erros mais comuns nesses casos é quando, ao reiniciar, não entra sequer no GRUB, daí deve-se reinstalar o GRUB com o modo RESCUE da ISO de instalação, evite de usar um LIVE, pois os comandos de uma mesma versão de uma distribuição podem não funcionar em outra versão.
Caso o GRUB funcionar, mas não entrar no sistema, então deve se usar as opções do GRUB.

Caso você tenha algum arquivo de repositório externo dentro de /etc/apt/sources.list.d como, por exemplo, php.list ou outro, modifique de bookworm para trixie dentro do arquivo e depois execute "sudo apt update" seguido de "sudo apt upgrade", caso necessário.

Provavelmente depois do Debian 13 para o 14 não será necessário todo esse procedimento, bastará alterar o arquivo debian.sources... isso se os caras não resolverem mudar tudo de novo!

Maiores explicações encontram-se na CONCLUSÃO.