1 - Instale o sistema básico utilizando o ISO do make-kpkg Scott Kveton, no site oficial ou no meu site, neste link.

2 - Altere o /etc/apt/sources.list para utilizar o release do kernel desejado (no meu caso, estou utilizando testing).

3 - Instale o makedev:

# apt-get update
# apt-get install makedev

4 - Crie o dispositivo /dev/console:

# MAKEDEV console

5 - Instale os pacotes kernel-package e linux-tree-2.6.17:

# apt-get install kernel-package linux-tree-2.6.17

6 - Descompacte a imagem e prepare para compilação:

# cd /usr/src
# tar xvjf linux-source-2.6.17.tar.bz2
# ln -s linux-source-2.6.17 linux
# cd linux
# make menuconfig

Realize a configuração que desejar, lembrando-se de incluir os módulos da controladora SCSI LSI embutidos no kernel (módulos megaraid).

6.1 - Realize a compilação:

# make-kpkg kernel_image
# make-kpkg kernel_headers

6.2 - Instale a imagem compilada:

# cd /usr/src
# dpkg -i linux-headers-2.6.17_2.6.17-10.00.Custom_i386.deb
# dpkg -i linux-image-2.6.17_2.6.17-10.00.Custom_i386.deb

Reinicie o sistema e já terá o seu novo kernel rodando sem problemas :)