Sempre existe a possibilidade de fazer bobagem usando algum comando indevido ao atualizar informações em uma base de dados MySQL com uma interface gráfica.

A minha experiência foi interessante porque, certa vez, administrando um servidor MySQL em Linux com phpmyadmin, usei a interface para atualizar a senha do 'root', e escolhi alguma opção que o apagou completamente da tabela 'users' do banco 'mysql'.

Conclusão: fiquei sem o usuário 'root', sem GRANT, sem acesso, e meus usuários secundários não me permitiam criar um 'root' com permissões globais totais.

Reiniciar o servidor no modo seguro (mysqld_safe --skip-grant-tables --skip-networking &) não adiantava nada pra mim, porque eu havia excluído o 'root'.

A minha solução foi usar o usuário debian-sys-maint, criado pela instalação do MySQL, e que também é poderoso. Para usar esse garoto aí você vai necessitar da senha, e ela deve estar em /etc/mysql/debian.cnf.

cat /etc/mysql/debian.cnf


Com a senha em mãos, faça login localmente (de preferência em um terminal), crie um novo usuário 'root', dê a ele permissão total e seja feliz!