Se, por acaso, algum programa que você tenha instalado não apareceu no menu do LXDE, eis a solução que resolveu o problema comigo.

Iniciei o BleachBit, limpei todos os caches e tudo o que era possível com ele. Depois, com o terminal, apaguei o cache do menu e o config do painel:

rm $HOME/.cache/menus/*
rm $HOME/.config/menus/*
rm -r $HOME/.config/lxpanel
lxpanelctl restart

Como isso, o painel ficará desconfigurado e sem nada no menu.

Reinicie a sessão ou reinicie o sistema. Aguarde a atualização do cache do menu. Depois disso, no meu caso, o menu voltou ao normal e com todos o programas instalados.