Para não ter que editar o arquivo prefs.js, descobri um solução alternativa:

1. Abra o Thunderbird;
2. Edit > Preference > Advanced > Config Editor
3. Adicione as seguintes entradas (botão direito do mouse > new > String):
   
   network.protocol-handler.app.https > caminho para o Firefox
   network.protocol-handler.app.https > caminho para o Firefox

Pronto, os links contidos nos e-mails irão abrir no seu Firefox! :D

[]'s
Thiago Nóbrega
http://pb.homeunix.org