No próprio boot do pendrive live, com o BleachBit instalado nele (página 4, item B.5.14), removi os arquivos temporários, línguas e locais não usados, cache de navegador, senhas, etc.

Depois, claro que, após os 3 dias preparando o pendrive, personalizando e testando o boot e os aplicativos, verificando se tudo está funcionando bem, em dois computadores diferentes, lógico, fazer backup de tudo, salvar o trabalho feito, porque backup é sempre necessário.

B.7. Cópia de segurança para um diretório:

Abrindo outro Sabayon do HD (minha principal instalação), espetei o pendrive (sem boot e com as partições desmontadas) e copiei todo o conteúdo do pendrive, todo o trabalho feito até agora, para o disco rígido do micro, usando gerenciador de arquivos Krusader, em modo root:
Aqui você pode usar comandos cp, mas como são muitos arquivos, eu acho o gerenciador de arquivos mais prático.

B.8. Clonando a partição:

Se você tiver uma partição vazia e quiser clonar a partição do pendrive, poderá fazê-lo com o comando dd, Clonezilla (veja também esta dica) ou Partimage.

B.9. Copiando para DVDs:

Se por outro lado, desejar copiar o conteúdo do pendrive para DVDs, na forma de uma ou várias ISOs, pode usar o pacote chamado Mondo Rescue.

Será preciso dar boot no próprio pendrive e instalar o pacote nele (o Mondo só trabalha copiando as partições montadas e no kernel de boot).

Para instalá-lo em Sabayon (por ele só existir para Gentoo), será preciso usar Portage:

Adicione o Overlay Paddymac, onde está o Mondo Rescue:

# layman -a paddymac

Se você usar um destes Overlays: Sunrise ou Zugaina, terá de removê-los, pois o pacote Mondo, neles, está corrompido (masked by corruption, não instalará). Portanto, remova-os:

# layman -d sunrise
# layman -d zugaina

Agora, atualize os Overlays e o Portage. Instale algumas dependências adicionais (com Entropy), e instale os pacotes do Mondo, desmascarados. Tudo isso pode ser feito com os comandos abaixo:

# emerge --sync
# emerge -av --oneshot portage
# layman -S
# equo i buffer mbuffer mhash
# emerge -av --autounmask --autounmask-write mondo mindi mindi-busybox

Agora, (se os usa) remova o Overlay Paddymac e recoloque seus Overlays Sunrise e Zugaina (pois são de uso geral em Gentoo):

# layman -d paddymac
# layman -a sunrise
# layman -a zugaina

Agora já pode usar o Mondo Rescue, para a cópia. Abra-o com o comando:

# mondoarchive