OpenSmiles - Criando imagens e figuras de moléculas químicas em formato de qualidade

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OpenSmiles é um programa multi-plataforma projetado para interconverter entre muitos formatos de arquivo usado em modelagem molecular e química computacional e áreas afins, é também uma notação de linha tipográfica para especificar a estrutura química. Podemos facilmente criar figuras de moléculas químicas pela linha de comando no Linux via terminal ou através de um script.

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Por: Édio Mazera em 23/07/2018

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O que é OpenSmiles

É uma notação de linha tipográfica para especificar a estrutura química. Um programa multi-plataforma projetado para interconverter entre muitos formatos de arquivo usado em modelagem molecular e química computacional e áreas afins. O principal comando é o utilitário obabel.

Obabel é mais adequado ao ambiente Linux/Unix para programas de linha de comando e mais flexível, quando o usuário precisa especificar valores de parâmetros nas opções. Além disso, tem um atalho para entrada em strings SMILES, que podem ser usadas no lugar de um arquivo de entrada.

O Open Babel também é um completo kit de ferramentas de programação para o desenvolvimento de software de química. Para mais informações, consulte as páginas da Web do Open Babel.

INSTALAÇÃO

Nos derivados do Debian:

# apt-get install openbabel

EXECUÇÃO

No terminal Linux:

obabel -H [ajuda]
$ obabel [OPÇÕES] [-i tipo de entrada | -: "SMILES-string"] infile [-o tipo de saída] -O outfile

A saída aceita múltiplos formatos, mas nosso interesse aqui é no formato PNG ou SVG.

-: "SMILES-string" é uma cadeia de caracteres entre aspas que representa uma molécula como CC para etano.

Exemplo simples:

obabel -:"CC" -O etano.png --title Etano

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Páginas do artigo

1. O que é OpenSmiles
2. Criando um script opensmiles

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Comentários

[1] Comentário enviado por anonimoculto em 24/07/2018 - 08:45h

Há dois pequenos deslizes no script listado:
1) Nas duas linhas que invocam o comando "obabel" falta um traço antes de "title", pois são necessários dois.
2) No lugar de $dir no redirecionamento de entrada deve-se colocar $currentdir

Fica assim:

#!/bin/bash
#cria smiles no formato svg ou png
# Edio Mazera - mazera3@gmail.com
# salve o arquivo como: smiles-shell.sh
################# Verifica se existe opensmiles ######
openbabel=`which obabel`
################# Cria Variaveis ##################
ext=png #### opções: svg; png
###############################################
if [ ! $openbabel ]
then
echo " Obabel não encontrado. Instalar: #apt-get install openbabel"
exit 1
fi
###### Mensagem ###################
echo "Cria OpenSmiles SVG - Créditos: Édio Mazera - mazera3@gmail.com."
######### SALVAR O DIRETORIO ATUAL #############
currentdir=`pwd`
############## le arquivo txt #####################
while IFS=: read smiles nome
do
obabel -:"$smiles" -O "$nome".$ext --title "$nome"
### Para criar imagens SVG descomente esta linha #########
## obabel -:"$smiles" -O "$nome".svg --title "$nome"
done < $currentdir/smiles.txt
###############################################
echo "Ok, SMILES CRIADOS!"
exit

À disposição.

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