Após ter feito o download é preciso executar o arquivo, mas antes disso vamos copiar o arquivo jdk1.6.0_01.bin que se encontra na pasta "download" para a pasta "java", além de copiar vamos dar permissão de execução.

Copiando o arquivo:

$ cd /home/tsouza/downloads
$ cp jdk1.6.0_01.bin /home/tsouza/java/jdk1.6.0_01.bin

Dando permissão para execução:

$ chmod +x jdk1.6.0_01.bin

Agora execute o arquivo:

$ ./jdk1.6.0_01.bin

Agora é só aceitar todos os termos de instalação que a instalação será concluída.

Após o término da instalação uma pasta "jdk1.6.0_01" foi criada dentro da pasta "java" e é nela onde se encontram os arquivos do Java.

Mas para que o Java funcione corretamente vamos setar as variáveis de ambiente. Abra o arquivo bash.bashrc e adicione as linhas ao final do arquivo:

$ sudo gedit /etc/bash.bashrc

Feito isso feche o console e abra novamente e certifique-se que o Java está instalado corretamente.

$ java -version (resulta na versão da instalação do Java)

A resposta deve ser similar a está:

java version "1.6.0_01"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_01-b06)
Java HotSpot(TM) Client VM (build 1.6.0_01-b06, mixed mode, sharing)

Após tudo isso podemos continuar com a instalação dos aplicativos.

Agora as coisas ficam mais fáceis.