Primeiro se assegure de ter um backup do seu pendrive, pois o processo envolve o particionamento e formatação dele.

Vamos criar duas partições, uma no fim do pendrive, formatada em ext2 com 650MB (no mínimo) onde vai ficar o sistema, e outra no início do pendrive, com todo o restante do espaço formatada em FAT 16. Não é aconselhável criar uma SWAP, pois ela pode, devido as sucessivas leituras e gravações, danificar o pendrive.

PS: O sdx é o dispositivo do pendrive neste artigo, substitua pelo seu.

Você pode usar qualquer programa de particionamento, recomendo o cfdisk para essa tarefa.



# cfdisk /dev/sdx

• 1ª partição (em um pendrive de 2GB) 1,3GB type 06 (FAT 16)
  
• 2ª partição 650MB tipo padrão (ext2) e bootável

Grave a tabela de partições e saia do cfdisk.

Agora vamos formatar o pendrive:

# mkfs.vfat /dev/sdx1
# mkfs.ext2 /dev/sdx2

Pronto, você tem agora um pendrive pronto para receber o sistema. Agora vamos proceder para a cópia dos arquivos.

OBS. Pode-se usar FAT32 também na primeira partição, na verdade acho que qualquer sistema que o kernel reconheça de forma nativa pode ser usado, mas é interessante que se use um sistema que o Windows reconhece para o caso de ser necessário usar o pendrive para outras coisas.