Crie e edite o arquivo que será o script de iniciação do serviço do 
Nagios:
# touch /etc/rc.d/rc.nagios
Edite-o com o conteúdo abaixo, mesmo que arquivo já exista:
# vi /etc/rc.d/rc.nagios
#!/bin/sh
#
# /etc/rc.d/rc.nagios
#
# start/stop/restart
# the Nagios server.
#
case "$1" in
  'start')
   /usr/local/nagios/bin/nagios -d /usr/local/nagios/etc/nagios.cfg
        echo "Nagios UP"
;;
  'stop')
    killall nagios
        echo "Nagios DOWN"
  ;;
  'restart')
   /etc/rc.d/rc.nagios stop
   /etc/rc.d/rc.nagios start
  ;;
  *)
    echo "Usage: $0 {start|stop|restart}"
  ;;
esac
Saia do arquivo e o salve com o comando: 
Esc :wq!
Dê permissão de execução ao script:
# chmod +x /etc/rc.d/rc.nagios
Use o utilitário abaixo para verificar se está tudo correto com o Nagios:
# /usr/local/nagios/bin/nagios -v /usr/local/nagios/etc/nagios.cfg
Resultado:
Nagios 3.1.2
Copyright (c) 2009 Nagios Core Development Team and Community Contributors
Copyright (c) 1999-2009 Ethan Galstad
Last Modified: 06-23-2009
License: GPL
Website: http://www.nagios.org
Reading configuration data...
   Read main config file okay...
Processing object config file '/usr/local/nagios/etc/objects/commands.cfg'...
Processing object config file '/usr/local/nagios/etc/objects/contacts.cfg'...
Processing object config file '/usr/local/nagios/etc/objects/timeperiods.cfg'...
Processing object config file '/usr/local/nagios/etc/objects/templates.cfg'...
Processing object config file '/usr/local/nagios/etc/objects/localhost.cfg'...
   Read object config files okay...
Running pre-flight check on configuration data...
Checking services...
        Checked 8 services.
Checking hosts...
        Checked 1 hosts.
Checking host groups...
        Checked 1 host groups.
Checking service groups...
        Checked 0 service groups.
Checking contacts...
        Checked 1 contacts.
Checking contact groups...
        Checked 1 contact groups.
Checking service escalations...
        Checked 0 service escalations.
Checking service dependencies...
        Checked 0 service dependencies.
Checking host escalations...
        Checked 0 host escalations.
Checking host dependencies...
        Checked 0 host dependencies.
Checking commands...
        Checked 24 commands.
Checking time periods...
        Checked 5 time periods.
Checking for circular paths between hosts...
Checking for circular host and service dependencies...
Checking global event handlers...
Checking obsessive compulsive processor commands...
Checking misc settings...
Total Warnings: 0
Total Errors:   0
Things look okay - No serious problems were detected during the pre-flight check
Se tudo correu bem e sem erros conforme o resultado acima, basta iniciar o serviço através do script que criamos anteriormente:
# /etc/rc.d/rc.nagios start
Enfim, agora é acessar o site do Nagios (https://nagios.exemplo.com.br) e autenticar com a senha gerada para o usuário "nagiosadmin". Inicie as configurações dos serviços e hosts no mesmo, abaixo alguns links importantes sobre como fomentar o Nagios e colocá-lo pra trabalhar...