Eu sempre me perguntei porque a instalação do Miniconda é tão obscura. Você o encontra nos docs do Conda, no link abaixo. O Conda e o Miniconda é a mesma coisa, só que o Conda e o Anaconda vem com uns 1500 pacotes, já o que o torna muito pesado. Se você sabe o que precisa, baixe só o necessário. Atente para a versão, você precisará de instalações distintas para o Python 3.7 e 2.7 e também para o sistema de 32 ou 64 bits.

Link: Miniconda - Conda documentation

Você precisa rodar o script do terminal. Abra um terminal no diretório do download e adicione permissão de execução ao arquivo. O comando abaixo faz exatamente isso, basta ajustá-lo ao nome do arquivo, que geralmente não muda com a versão:

chmod u+x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

Para executar o instalador, basta chamá-lo pelo nome agora. Atente que ele dispensa privilégios de administrador, pois ele assume que a instalação é no diretório do usuário ($), se por algum motivo bizarro você precisar instalar em qualquer outro lugar, eleve seus privilégios antes com 'sudo' ou 'su':

./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

Ele é um instalador linear, como os dos Windows, então é bem fácil de seguir:

• Ler a licença: aperte ENTER.
• Aceitar a licença: aperte ENTER para paginar, q para ir direto para o final, escreva yes para aceitar.
• Escolha o local da instalação: ele oferece ~/miniconda3. Se for o caso, pressione ENTER, se não, escreva o novo caminho completo. Ele aceita caminhos relativos e atalhos (~ em vez de /home/fulano).
• Inicializar o Conda: ele recomenda não e você pode fazer isso depois.
• Acabou.

No fim da instalação, ele dá algumas orientações de como fazer a inicialização. É bem pouco informativo, mas sem problemas, a inicialização é a parte que estamos tentando evitar. Vá até a instalação do Miniconda, é o diretório /bin dentro do local escolhido (no meu caso é ~/test/bin).

cd ~/test/bin

Lá dentro está o script de controle do Conda, que se chama "conda". Ele sozinho não faz nada, dá um lista de opções, a que precisamos é "activate". Note que o "conda" tem uma sintaxe como a do 'find', sem -- antes dos parâmetros.

conda activate

Pronto! O (base) antes indicador do terminal é o sinal de que estamos dentro do ambiente base do Miniconda. Você já pode utilizar o Conda. ;)

Configuração

Temos dois caminhos para configurar o Conda. Um deles é sobre os repositórios e o outro é acerca do acesso a ele. Comecemos pelo acesso, que é bem pouco prático.

Tudo que você precisa para utilizar o Miniconda, é chamar o script "conda" na instalação como vimos acima. O problema é que dependendo do local de instalação, ele pode estar nas profundezas de uma árvore de diretórios. Uma solução simples, é colocar um link simbólico em um local indexado pelo PATH. O ~/bin é um excelente candidato.

Basta um comando:

ln -s $PWD/conda ~/bin

O $PWD torna o caminho absoluto, é um truque para tornar o link mais resiliente a mudanças de localização dele próprio. Atente que o comando acima parte de que estamos no diretório de instalação do Miniconda. Colocar no /bin do sistema o tornaria acessível a todos os usuários, mas teria que colocar a instalação em um lugar acessível para todos. Isso pode ser complicado, mas algo a se pensar.

Agora, basta um 'conda activate' em qualquer terminal do usuário, dono da instalação, para ter acesso ao Conda. Os comandos do Conda são fácies de utilizar:

• conda activate [env] → inicia o ambiente, se nenhum for especificado, ele inicia o base.
• conda update pacote → atualiza um pacote específico, note que cada ambiente tem um controle de versão próprio.
• conda update conda → atualiza todo o conda, todos os pacotes e o gerenciador.
• conda install pacote → instala o pacote, do ambiente atual.
• conda remove pacote → remove o pacote, do ambiente atual.

Você pode utilizar o Conda sem utilizar os ambientes, basta ficar no base e tudo funcionará. Existem comandos específicos para pegar o pacote com uma versão específica, ou um repositório específico, e assim por diante. Tem bastante coisa para aprender.

Agora vamos correr atrás dos repositórios. Se você está satisfeito com os repositórios padrão, pode pular esta parte, se você trabalha com R ou Machine Learning, o processo abaixo é recomendado.

Acesse o Bioconda: Getting Started - Bioconda documentation

O link que dei acima já cai direto no tutorial para instalar os repositórios (no conda eles são chamados de canais). Basta executar os comandos na ordem dada, pois o último tem mais prioridade que o primeiro, isso garante que o Bioconda seja a fonte da maior parte dos seus pacotes. Lembre-se de estar no ambiente do Conda para fazer isso, fora do ambiente estes comandos não servem para nada.

conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

Pronto! Daqui para frente todos os seus pacotes serão baixados do conda-forge e do Bioconda e, em raros casos, dos canais padrão.

Bônus

Agora darei algumas orientações sobre como instalar o R no Conda. Embora o R do sistema seja muito bom, com o conda eu posso instalar ferramentas específicas como o RStudio diretamente dele e centralizar as instalações de pacotes do R.

Basta um comando para instalar a maior parte do R:

conda install r-essentials

O "r-essentials" é um meta pacote que organiza toda a instalação do R, ele inclui o "r-base" e uma montanha de dependências que garante a maior parte das funcionalidades do R. Aliás, pacotes do R geralmente tem o nome "r-*", então são fácies de identificar. E eles são atualizados junto como os demais quando se dá um conda update conda.

Referências

• Bioconda
• Conda
• Conda Cheatsheet
• Comparativo Conda x PIP
• Conda Forge
• Instalação do R no Conda
• Devito