Bioinformática - PhyML: alinhamento de sequências nucleotídicas em ambiente paralelo

O PhyML é um software utilizado para se fazer estimativa e probabilidade filogênica em alinhamento de sequências nucleotídicas ou sequências de anino ácido. Atualmente está na versão 3.0, seu desenvolvimento teve participação de diversos cientistas de algumas universidades no mundo.

[ Hits: 24.353 ]

Por: José Cleydson Ferreira da Silva em 27/07/2010 | Blog: http://cleysinho.blogspot.com.br/


Instalando PHYML em ambiente paralelizado



4. Instalando PHYML em ambiente paralelizado

Usar o PHYML em ambiente paralelizado pode reduzir até 75% do tempo gasto para processar uma sequência de DNA, porém é necessário que os padrões de compilação do software sejam alterados para utilizar o padrão MPI (Message Passing Interface). Essa para que possa funcionar é necessário que o ambiente já esteja configurado. Se ainda não possui um ambiente paralelo leia o artigo que se encontra no link:
O tópico preparando ambiente paralelo com bibliotecas MPI irá mostrar todos os procedimentos da instalação.

4.1 Download do PHYML

Pode obter o arquivo em dois links, no site do projeto está disponível o arquivo binários para as diversas plataformas de sistemas operacionais. O código fonte pode ser encontrado no googlecode.com, abaixo segue os dois endereços para obtenção do PhyML. Importante lembrar que para instalá-lo em paralelo teremos que usar o código fonte.

Download do binário:

wget http://www.atgc-montpellier.fr/download/binaries/phyml/phyml_v3.0.tar.gz

O arquivo binário não possui a programação paralela.

Download do Código Fonte (Recomendável para MPI).
Download no diretório.

cd /opt

Download:

wget http://phyml.googlecode.com/files/phyml.tar.gz

Descompactar arquivo:

tar xvf phyml.tar.gz

Diretório do código fonte:

cd /phml/scr

A configuração a ser feita estão nos arquivos Makefile e Makefile.am. A diretiva CC=mpicc e DEFS=-DUNIX -D$(PROG) -DDEBUG -DMPI devem ser descomentada e a diretiva DEFS=-DUNIX -D$(PROG) -DDEBUG deve ser comentada como sugere o trecho de código abaixo:

# Uncomment (i.e. remove the "#" character at the begining of)
# the two lines below if you want to use MPI.
# Comment the two lines below if you don't want to use MPI.

CC=mpicc
DEFS=-DUNIX -D$(PROG) -DDEBUG -DMPI

# Comment the line below if you want to use MPI.
# Uncomment the line below if you don’t want to use MPI.
#DEFS=-DUNIX -D$(PROG) -DDEBUG

Após configurado, verifique se o automake está instalado, caso contrário instale-o com o comando apt-get install automake. Os comandos abaixo são usados utilizados para compilar o programa.

# aclocal;
# autoconf -f;
# automake -f;
# ./configure;
# make;


Há duas formas de usar o PhyML, como mencionado no início deste documento. Os comandos abaixo podem ser utilizados para iniciá-lo.

Usando interface:

# mpiexec -np 2 /opt/PhyML_3.0/phyml/src/phyml

Ou:

# mpiexec -np 2 -path /opt/phyml/src/ phyml

Usando linha de comando. Com resultado na saída padrão:

# mpiexec -np 2 /opt/PhyML_3.0/phyml/src/phyml -i arquivo.phy -b100

Imprimindo resultado em arquivo:

# mpiexec -np 2 /opt/PhyML_3.0/phyml/src/phyml -i arquivo.phy -b100 > logSaida.txt

Sem imprimir na saída padrão;

# mpiexec -np 2 /opt/PhyML_3.0/phyml/src/phyml -i arquivo.phy -b100 &

Outros parâmetros podem ser utilizados conforme as exigências e perspectivas de resultados, esses parâmetros podem ser consultados no tópico 3.0 Usando PhyML em linha de comando.

Página anterior     Próxima página

Páginas do artigo
   1. Sumário - Sobre o PhyML
   2. Usando PhyML em linha de comando
   3. Instalando PHYML em ambiente paralelizado
   4. Sobre autor
Outros artigos deste autor

Compiz - Janelas à 360 graus no Linux

Economia e liberdade: o software livre une o útil ao agradável

Gerência de projetos com Redmine

Os novos plugins do Compiz

Conheça tudo sobre os hardwares que compõem o seu computador com um simples comando

Leitura recomendada

Usando o JIGDO - How To

Instalação do navegador Vivaldi no GNU/Linux

Instalação e configuração do Hylafax (servidor de FAX)

VPN com pptpd com acesso a compartilhamentos

Instalando o DB Designer

  
Comentários
[1] Comentário enviado por dailson em 28/07/2010 - 10:54h

Grande Kuruma!!

Parabéns pelo artigo. Apesar de eu não estar familiarizado com coisas como:
probabilidade filogênica
alinhamento de sequências nucleotídicas
sequências de anino ácido

Eu acho que isso irá e muito ajudar a comunidade do software livre.
E mais do que nunca

VIDA LONGA AO SL!!

Dailson Fernandes
http://www.dailson.com.br

[2] Comentário enviado por cleysinhonv em 28/07/2010 - 16:01h

Olá Dailson,

Grande Guerreiro, obrigado pelo incentivo meu camarada. Vou começar uma serie longa desses artigos, estou pensando em enviar um trabalho para o VOL DAY, em Bebedouro-SP, mas estou pensando se poderá ser aceito ou não. Esses artigos com certeza deram muito trabalho para validar a prática. Mas com certeza resolverá a vida dos Biologos e dos Bioinformatas.

Um abraço!


Contribuir com comentário




Patrocínio

Site hospedado pelo provedor HostGator.
Linux banner
Linux banner
Linux banner

Artigos

Dicas

Viva o Android

Tópicos

Top 10 do mês

Scripts