Bioinformática - PhyML: alinhamento de sequências nucleotídicas em ambiente paralelo
O PhyML é um software utilizado para se fazer estimativa e probabilidade filogênica em alinhamento de sequências nucleotídicas ou sequências de anino ácido. Atualmente está na versão 3.0, seu desenvolvimento teve participação de diversos cientistas de algumas universidades no mundo.
Parte 3: Instalando PHYML em ambiente paralelizado
4. Instalando PHYML em ambiente paralelizado
Usar o PHYML em ambiente paralelizado pode reduzir até 75% do tempo gasto para processar uma sequência de DNA, porém é necessário que os padrões de compilação do software sejam alterados para utilizar o padrão MPI (Message Passing Interface). Essa para que possa funcionar é necessário que o ambiente já esteja configurado. Se ainda não possui um ambiente paralelo leia o artigo que se encontra no link:O tópico preparando ambiente paralelo com bibliotecas MPI irá mostrar todos os procedimentos da instalação.
4.1 Download do PHYML
Pode obter o arquivo em dois links, no site do projeto está disponível o arquivo binários para as diversas plataformas de sistemas operacionais. O código fonte pode ser encontrado no googlecode.com, abaixo segue os dois endereços para obtenção do PhyML. Importante lembrar que para instalá-lo em paralelo teremos que usar o código fonte.Download do binário:
wget http://www.atgc-montpellier.fr/download/binaries/phyml/phyml_v3.0.tar.gz
O arquivo binário não possui a programação paralela.
Download do Código Fonte (Recomendável para MPI).
Download no diretório.
cd /opt
Download:
wget http://phyml.googlecode.com/files/phyml.tar.gz
Descompactar arquivo:
tar xvf phyml.tar.gz
Diretório do código fonte:
cd /phml/scr
A configuração a ser feita estão nos arquivos Makefile e Makefile.am. A diretiva CC=mpicc e DEFS=-DUNIX -D$(PROG) -DDEBUG -DMPI devem ser descomentada e a diretiva DEFS=-DUNIX -D$(PROG) -DDEBUG deve ser comentada como sugere o trecho de código abaixo:
# Uncomment (i.e. remove the "#" character at the begining of)
# the two lines below if you want to use MPI.
# Comment the two lines below if you don't want to use MPI.
CC=mpicc
DEFS=-DUNIX -D$(PROG) -DDEBUG -DMPI
# Comment the line below if you want to use MPI.
# Uncomment the line below if you don’t want to use MPI.
#DEFS=-DUNIX -D$(PROG) -DDEBUG
# the two lines below if you want to use MPI.
# Comment the two lines below if you don't want to use MPI.
CC=mpicc
DEFS=-DUNIX -D$(PROG) -DDEBUG -DMPI
# Comment the line below if you want to use MPI.
# Uncomment the line below if you don’t want to use MPI.
#DEFS=-DUNIX -D$(PROG) -DDEBUG
Após configurado, verifique se o automake está instalado, caso contrário instale-o com o comando apt-get install automake. Os comandos abaixo são usados utilizados para compilar o programa.
# aclocal;
# autoconf -f;
# automake -f;
# ./configure;
# make;
Há duas formas de usar o PhyML, como mencionado no início deste documento. Os comandos abaixo podem ser utilizados para iniciá-lo.
Usando interface:
# mpiexec -np 2 /opt/PhyML_3.0/phyml/src/phyml
Ou:
# mpiexec -np 2 -path /opt/phyml/src/ phyml
Usando linha de comando. Com resultado na saída padrão:
# mpiexec -np 2 /opt/PhyML_3.0/phyml/src/phyml -i arquivo.phy -b100
Imprimindo resultado em arquivo:
# mpiexec -np 2 /opt/PhyML_3.0/phyml/src/phyml -i arquivo.phy -b100 > logSaida.txt
Sem imprimir na saída padrão;
# mpiexec -np 2 /opt/PhyML_3.0/phyml/src/phyml -i arquivo.phy -b100 &
Outros parâmetros podem ser utilizados conforme as exigências e perspectivas de resultados, esses parâmetros podem ser consultados no tópico 3.0 Usando PhyML em linha de comando.
Parabéns pelo artigo. Apesar de eu não estar familiarizado com coisas como:
probabilidade filogênica
alinhamento de sequências nucleotídicas
sequências de anino ácido
Eu acho que isso irá e muito ajudar a comunidade do software livre.
E mais do que nunca
VIDA LONGA AO SL!!
Dailson Fernandes
http://www.dailson.com.br