Bioinformática - Análise Filogenética com Clustalx

O Clustalx é um software para o alinhamento de sequências nucleotídicas, peptídicas e analises filogênicas. O Clustalx é software semi-livre segundo a sua forma de licenciamento. Embora possua características de software livre como permissão de execução de programa, não há permissão de uso para fins comerciais.

[ Hits: 20.938 ]

Por: José Cleydson Ferreira da Silva em 08/07/2010


Instalação do Clustalx



Sobre o Clustalx

O Clustalx é um software para o alinhamento de sequências nucleotídicas, peptídicas e analises filogênicas. O Clustalx é software semi-livre segundo a sua forma de licenciamento. Embora possua características de software livre como permissão de execução de programa, de estudo de seu funcionamento, de liberdade de redistribuição e de modificação não há permissão de uso para fins comerciais.

O código fonte pode ser obtido no site do projeto. O processo de instalação pode ser feito de duas formas: por meio do código fonte ou pelo gerenciador de pacotes das distribuições Linux derivadas do Debian. Porém é necessário possuir repositórios non-free configurados no arquivo /etc/apt/sources.list.

Instalação do Clustalx

A instalação feita por meio de gerenciadores de pacotes em derivados do Debian, como o Ubuntu por exemplo, pode ser feita com o seguinte comando.

# apt-get install clustalx

Caso opte pela instalação por meio do código fonte, os seguintes comandos fazem o download e, em seguida, a compilação.

Fazer download do fonte:

wget http://www.clustal.org/download/current/clustalx-2.0.12.tar.gz

Compilar o fonte:

qmake
# make


Acessando o software

O acesso ao software pode se dar pelo uso do terminal por meio do comando:

# clustalx &

Ou, se optar por acessá-lo em modo "gráfico", use caminho através do menu Aplicativos => Ciência => Clustalx. A interface do software possui poucos menus; por esse motivo, a maior parte da tela é reservada para a análise das sequências.

O alinhamento de múltiplas sequências se dá:
  • Pelo estabelecimento de relações filogenéticas entre diferentes sequências;
  • Pela predizer de domínios conservados;
  • Pela comparação da proteína desejada de forma ampla com os membros da mesma família da proteína.

    Próxima página

Páginas do artigo
   1. Instalação do Clustalx
   2. Usando o Clustalx
   3. Sobre o autor
Outros artigos deste autor

Cadê o cubo?

Bioinformática - PhyML: alinhamento de sequências nucleotídicas em ambiente paralelo

Compiz - Janelas à 360 graus no Linux

Compiz - Conhecendo a fundo II

Cairo-Dock - Seu desktop Linux com cara de MAC

Leitura recomendada

Asterisk 14.3 + Biblioteca PJSIP

Instalando e utilizando o LimeWire no Debian

Instalação do Oracle 10g 86 x64 no Cent OS

Gerando imagens com o mkcdrec

Migração de Software Proprietário para Software Livre em Instituição Pública

  
Comentários

Nenhum comentário foi encontrado.


Contribuir com comentário




Patrocínio

Site hospedado pelo provedor HostGator.
Linux banner
Linux banner
Linux banner

Destaques

Artigos

Dicas

Viva o Android

Tópicos

Top 10 do mês

Scripts