Bioinformática - Análise Filogenética com Clustalx

O Clustalx é um software para o alinhamento de sequências nucleotídicas, peptídicas e analises filogênicas. O Clustalx é software semi-livre segundo a sua forma de licenciamento. Embora possua características de software livre como permissão de execução de programa, não há permissão de uso para fins comerciais.

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Por: José Cleydson Ferreira da Silva em 08/07/2010


Instalação do Clustalx



Sobre o Clustalx

O Clustalx é um software para o alinhamento de sequências nucleotídicas, peptídicas e analises filogênicas. O Clustalx é software semi-livre segundo a sua forma de licenciamento. Embora possua características de software livre como permissão de execução de programa, de estudo de seu funcionamento, de liberdade de redistribuição e de modificação não há permissão de uso para fins comerciais.

O código fonte pode ser obtido no site do projeto. O processo de instalação pode ser feito de duas formas: por meio do código fonte ou pelo gerenciador de pacotes das distribuições Linux derivadas do Debian. Porém é necessário possuir repositórios non-free configurados no arquivo /etc/apt/sources.list.

Instalação do Clustalx

A instalação feita por meio de gerenciadores de pacotes em derivados do Debian, como o Ubuntu por exemplo, pode ser feita com o seguinte comando.

# apt-get install clustalx

Caso opte pela instalação por meio do código fonte, os seguintes comandos fazem o download e, em seguida, a compilação.

Fazer download do fonte:

wget http://www.clustal.org/download/current/clustalx-2.0.12.tar.gz

Compilar o fonte:

qmake
# make


Acessando o software

O acesso ao software pode se dar pelo uso do terminal por meio do comando:

# clustalx &

Ou, se optar por acessá-lo em modo "gráfico", use caminho através do menu Aplicativos => Ciência => Clustalx. A interface do software possui poucos menus; por esse motivo, a maior parte da tela é reservada para a análise das sequências.

O alinhamento de múltiplas sequências se dá:
  • Pelo estabelecimento de relações filogenéticas entre diferentes sequências;
  • Pela predizer de domínios conservados;
  • Pela comparação da proteína desejada de forma ampla com os membros da mesma família da proteína.

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Páginas do artigo
   1. Instalação do Clustalx
   2. Usando o Clustalx
   3. Sobre o autor
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