Um perrengue MUITO chato é quando o PHP resolve catar umas libs de cliente antigas do MySQL, aí o bichinho não conecta por nada nesse mundo.

Cate o maldito php.ini e veja se o socket está apontando para o mesmo lugar do MySQL que você instalou. Para saber pra onde está apontando, inicie o cliente mysql (mysql -u root -p) e entre com sua senha.

Dentro dele dê um:

mysql> show variables like 'socket';

Ele vai te mostrar a localização correta.

Vá no php.ini e corrija. Também lembre-se de setar a porta certa.

Para descobrir:

$ nmap localhost | grep -i mysql

Fácil.

Outro erro que me infernizou é esse lance da lib usar a autenticação do MySQL antigo para tentar autenticar no banco novo que usa password hashing (muito mais seguro).

Isso foi mais um grande perrengue, mas tudo que você tem que fazer é acessar pelo console e setar a senha do usuário usando o recurso OLD_PASSWORD('senha'). Assim ó:

mysql> SET PASSWORD FOR 'usuario'@'host' = OLD_PASSWORD('pass');

É isso galera, depois disso você já pode sair pra tomar um café, dar uma volta na praia e pegar um pouco de sol e ar fresco.

Fontes:

• http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/Old_client.html
• http://www.google.com.br
• http://www.vivaolinux.com.br