Penso que não estou sozinho nesta questão, pois apesar de usar muito o meu SuperKaramba, não acho que usei anormalmente demais...

Bom, vamos à dica, após algum tempo de uso colocando e retirando muitos temas, o meu SuperKaramba começou a embaralhar as posições (usava as posições salvas, mas cada vez que reiniciado colocava os temas de forma aleatória).

Após apanhar muito configurando os ".theme" sem sucesso, percebi (meio que sem querer) que o SuperKaramba cria para cada usuário uma pasta "home/NOMEUSUARIO/.superkaramba" onde salva arquivos do tipo ".rc" contendo as informações para restauração de posições previamente configuradas.

Percebi também a existência de arquivos de temas que já não usava mais, além de outros que não são do tipo ".rc". Daí ao apenas remover todos os arquivos desta pasta e reiniciar a sessão o SuperKaramba, tudo voltou a funcionar corretamente.

Só para constar, uso o Fedora Core 3, mas acho que a dica não depende da distro nem da versão do SuperKaramba...

Fui.