Passei um perrengue danado com o Skype, comprei um fone bonitinho e na hora de fazer ligações parecia que tinha um liquidificador no fone, suspeitei do fone, da placa de som, mas no fim só precisei instalar um pacotinho, o alsa-base:

# aptitude install alsa-base

Depois que ele instalar é só rodar o alsaconf no terminal e definir a sua placa se som, ele ainda vai perguntar se você quer manter os módulos atuais, responda não e pronto.

Notei que depois que instalar o alsa a qualidade do meu som melhorou bastante.