Estou usando a distribuição Fedora Spin (MATE + Compiz), disponível para download em:

• About Spin: MATE-Compiz

Após o login, para habilitar os efeitos do Compiz, é necessário acessar o menu:

  Aplicativos → Acessórios → Compiz MATE GTK (ou Compiz MATE Emerald)

Porém, após reiniciar o sistema (pelo menos comigo), os efeitos são desligados e é preciso ativá-los novamente.

Para deixar os efeitos do Compiz (GTK ou Emerald) iniciando automáticamente, faça o seguinte:

• Acesse o menu: Sistema → Preferências → Aplicativos de sessão.
• Clique no botão "Adicionar", para inserir um novo comando.
• Se quiser efeitos do Compiz GTK, use o comando: compiz-mate-gtk
• Se quiser usar o Compiz Emerald, use o comando: compiz-mate-emerald

Exemplo:
Depois, clique em Salvar. Feche a janela.

Assim, sempre que fizer login, o comando será executado e o Compiz iniciará automaticamente.

Divirta-se!