Olá, pessoal. Depois de muitas horas procurando uma solução para um problema que parece bastante comum para os aventureiros que instalaram o Ubuntu 11.04 Natty Narwhal:

Ao iniciar o Skype, o famoso ícone do tray não aparece na área de notificação. Apenas um pixel branco (sim, um pixel mesmo) aparece e dificulta o clique - além de impedir a visualização do status do Skype.

Sinceramente, eu não sei se esse problema ocorre se fizermos login com o Unity, mas é fato que isso acontece ao usar o Ubuntu Classic.

O procedimento a ser realizado é o seguinte:

1) Se não tiver o Compiz-Fusion instalado; instale-o. É primordial tê-lo instalado;

2) Clique em Sistema -> Preferências -> Gerenciador de Configurações do CompizConfig;

3) Na janela de configurações, clique no ítem "Workarounds", que é um item da categoria "Utilidade". Dentro de Workarounds, marque a opção "Notification Daemon Fix";

4) Ainda na categoria "Utilidade", marque o item "Notification".

Feito isso, inicie o Skype e na guia de opções, marque "Iniciar o Skype minimizado na barra de sistema". Também, em "Selecionar Estilo", use o estilo "Área de Trabalho".

Reinicie o Skype e veja se o ícone voltou para o tray de notificação.

Se os passos acima não resultarem em sucesso, tente ainda desmarcar todos os itens do painel, deixando o "Bloquear movimentação" desmarcado. Assim, remova a área de notificação e adicione-a novamente. Deixe espaço suficiente entre o applet "área de notificação" e os outros ícones, afim de criar espaço para o ícone do Skype (evitando que fique "amontoado" sobre os outros).

Tentei todas as alternativas de todos os fóruns que achei no Google (e não foram poucos) e nada resolveu. Só isso aí deve resolver o problema.

Já há um bug criado, veja em https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/gnome-panel/+bug/775717, mas ninguém ainda achou solução, digamos, nativa para o problema.

Algumas tentativas com a opção "iniciar minimizado" não funcionaram em duas máquinas onde instalei o Skype. Em outras cinco, o tray funcionou normalmente sem a opção "iniciar minimizado".

Favor comentar sobre o problema no Unity. Não tive tempo de testar.

Espero que isso ajude.

Abraço!