Ao executar o apt-mirror pela terceira vez seguida com um script que parava e continuava ele, recebi a seguinte mensagem:

apt-mirror is already running, exiting at /usr/bin/apt-mirror line 187

Para resolver este simples problema, acesse o diretório que é o "base path" do seu mirror. O padrão é /var/spool/apt-mirror, então acesse o base path (definido em /etc/apt/mirror.list) e remova o arquivo .lock (que se encontra no diretório var dentro do base path), da seguinte maneira:

# rm -rf apt-mirror.lock