Conheço duas formas para inicializar scripts com o sistema Debian Linux e seus derivados. É necessário que os scripts estejam dentro da pasta /etc/init.d.

A primeira delas e a mais simples e que já acompanha a distro é o comando:

update-rc.d nome-do-script defaults

Iniciando o firewall com esse comando (exemplo):

# update-rc.d firewall.sh defaults

A outra forma é instalando o chkconfig:

# apt-get update
# apt-get install chkconfig

Depois de instalado digite:

# chkconfig

Aparecerá uma lista de programas, alguns com "on" e outros com "off" na frente. Para iniciar automaticamente e só mudar de "off" para "on" seguindo o exemplo abaixo:

# chkconfig firewall.sh on

Pronto! O script iniciará com o sistema.

Para que o script seja iniciado sem um novo boot, faça:

# /etc/init.d/script_adicionado start