A primeira opção dentro do universo open source é o 
Calibre, disponível em diversas  plataformas.   Antes de iniciar, vale a pena mencionar que se você desejar efetuar a instalação a partir do código fonte, deve conferir as dependências abaixo e seguir  as instruções no site: 
Pacote e versão:
-  python 2.6 
-  Python Imaging Library 1.1.6 
-  Qt 4.6.0 
-  PyQt 4.7.0 
-  python-mechanize 0.1.11 
-  ImageMagick 6.3.8 
-  xdg-utils1.0.2  
-  lxml 2.1.5 
-  python-dateutil 1.4.1 
-  cssutils 0.9.7a2 
-  BeautifulSoup 3.0.5 
-  dnspython  1.6.0 
-  poppler 0.12.0 
-  podofo 0.7 
-  libwmf 0.2.8 
-  chmlib 0.40
Caso contrário,  para instalar a partir do pacote binário, utilize o comando abaixo (mais informações também em:  
http://calibre-ebook.com/download_linux).
 sudo python -c "import urllib2; exec urllib2.urlopen('http://status.calibre-ebook.com/linux_installer').read(); main()"
Enter the installation directory for calibre [/opt]:
Will download and install calibre-0.6.45-x86_64.tar.bz2
           Downloading calibre-0.6.45-x86_64.tar.bz2
50%[=================================------------------------]
Checking downloaded file integrity...
tar: Record size = 8 blocks
Extracting files to /opt/calibre ...
Extracting application files...
Creating symlinks...
        Symlinking /opt/calibre/fetch-ebook-metadata to /usr/bin/fetch-ebook-metadata
        Symlinking /opt/calibre/lrf2lrs to /usr/bin/lrf2lrs
        Symlinking /opt/calibre/ebook-convert to /usr/bin/ebook-convert
        Symlinking /opt/calibre/ebook-meta to /usr/bin/ebook-meta
        Symlinking /opt/calibre/pdfmanipulate to /usr/bin/pdfmanipulate
        Symlinking /opt/calibre/lrfviewer to /usr/bin/lrfviewer
        Symlinking /opt/calibre/calibre to /usr/bin/calibre
        Symlinking /opt/calibre/markdown-calibre to /usr/bin/markdown-calibre
        Symlinking /opt/calibre/calibre-debug to /usr/bin/calibre-debug
        Symlinking /opt/calibre/calibre-parallel to /usr/bin/calibre-parallel
        Symlinking /opt/calibre/web2disk to /usr/bin/web2disk
        Symlinking /opt/calibre/calibre-server to /usr/bin/calibre-server
        Symlinking /opt/calibre/calibre-customize to /usr/bin/calibre-customize
        Symlinking /opt/calibre/ebook-viewer to /usr/bin/ebook-viewer
        Symlinking /opt/calibre/calibre-smtp to /usr/bin/calibre-smtp
        Symlinking /opt/calibre/lrs2lrf to /usr/bin/lrs2lrf
        Symlinking /opt/calibre/ebook-device to /usr/bin/ebook-device
        Symlinking /opt/calibre/librarything to /usr/bin/librarything
        Symlinking /opt/calibre/calibredb to /usr/bin/calibredb
Setting up bash completion...
Installing bash completion to /etc/bash_completion.d/calibre
Trying to setup udev rules...
Installing MAN pages...
        Installing MAN page for ebook-meta
        Installing MAN page for ebook-convert
        Installing MAN page for web2disk
        Installing MAN page for calibre-server
        Installing MAN page for lrf2lrs
        Installing MAN page for lrs2lrf
        Installing MAN page for librarything
        Installing MAN page for calibre-debug
        Installing MAN page for calibredb
        Installing MAN page for calibre-customize
        Installing MAN page for pdfmanipulate
        Installing MAN page for fetch-ebook-metadata
        Installing MAN page for calibre-smtp
Setting up desktop integration...
Run "calibre" to start calibre
Agora basta digitar o comando "
calibre" para executar o conversor,  e se  tudo estiver funcionando corretamente,  veremos o formulário  da imagem a seguir.
Para converter o seu documento  para o  formato ePub, basta  inserir o título utilizando o botão  "Adicionar livros" e logo após utilize  o botão "Converter eBooks" e pronto!
Na sua pasta de usuário home (/home/cabelo no meu caso) será criado uma pasta cujo nome é "Calibre Library", onde será armazenado todos  os  eBooks convertido  pelo  software Calibre.  Agora basta  copiá-lo  para  o seu dispositivo.  Para visualizar no PC o seu e-book,  basta utilizar o  comando  ebook-viewer como no exemplo abaixo.
 ebook-viewer  opensuse.epub
Na minha opinião particular (que está longe de ser a melhor), para edição, sugiro a segunda opção, ou seja o  software 
Sigil,  o seu download pode ser  efetuado  
neste link ou na página inicial mencionada anteriormente. Após o download, execute o binário como  super-usuário.
# ./Sigil-0.1.9-Linux-x86_64-Setup.bin
Basta  seguir as instruções  de instalação básica (NEXT, NEXT e FINISH) para o software estar disponível no seu sistema. Para executá-lo  basta entrar na pasta /opt/sigil e invocar o script sigil.sh. Veja  o  exemplo abaixo:
 cd /opt/sigil
$  ./sigil.sh
Para finalizar, disponibilizo a seguir um vídeo demonstrativo com a tecnologia ePub rodando no meu Android Motorola  DEXT.
Referências:
Como sempre menciono: Colaborar atrai amigos, competir atrai inimigos... 
Sobre o autor: 
http://www.netitec.com.br/alessandro