A história do jogo é bem simples:

Um ser do mal roubou um amuleto mágico, que pertenceu aos deuses antigos e garantirá a imortalidade a quem conseguir recuperá-lo. Você é um aventureiro disposto a recuperar este amuleto e virar um deus. Para isto você entra em um sistema de cavernas que no fim levará você ao templo do deus do mal. Recuperado o amuleto, é hora de entregá-lo para seu deus.

No NetHack você pode escolher entre vários tipos de aventureiros, como guerreiros, magos, caçadores, padres e outros. Também pode-se escolher a raça do seu personagem, seja ele humano, elfo, duende ou gnomo.

Cada um dos seus personagens tem sua história e suas ferramentas. De acordo com o personagem variam os desafios, os deuses, as recompensas e outros, mas é certo que você chegará à imortalidade ... se você for capaz de superar todos os desafios.