VMD no Debian - Instalação e configuração

Instalação do software VMD (Visual Molecular Dynamics) no Debian e Ubuntu.

[ Hits: 8.962 ]

Por: Buckminster em 23/12/2014


Instalação / Configuração



A concretização deste curto artigo surgiu através de um tópico aqui no VOL, mas a idéia já vicejava há algum tempo, tendo em vista certa dificuldade encontrada na instalação do VMD no Debian e no Ubuntu.

Então, resolvi encontrar um tempo na minha agenda apertada (como se eu fosse um sujeito muito ocupado...).

Como sempre, leia todo este singelo texto antes de sair executando os comandos.

VMD

O VMD (Visual Molecular Dynamics) é um software projetado para modelagem, visualização e análise de sistemas biológicos, tais como proteínas, ácidos nucleicos, montagens lipídicas em bicamadas, etc, mas também pode ser utilizado para visualizar moléculas mais gerais.

O VMD pode ler arquivos de proteínas padrão e exibir a sua estrutura. O VMD fornece uma ampla variedade de métodos de renderização e colorização de moléculas: pontos e linhas simples, esferas e cilindros de CPK, tubos de backbone, desenhos animados e outros.

O VMD pode ser usado para animar e analisar a trajetória de uma simulação de dinâmica molecular (DM). Em particular, o VMD pode atuar como uma interface gráfica de um programa externo de dinâmica molecular, exibindo e animando uma determinada molécula.

Instalação

Site do VMD:
Para fazer o download do VMD, acesse o link:
Escolha a versão correta na seção: Version 1.9.1 (2012-02-04) Platforms

Vamos instalar essa versão estável, pois a atual ainda é Beta. Além do que, tanto a versão estável quanto a versão Beta apresentaram o mesmo erro abaixo. Assim que a versão 1.9.2 se tornar estável, siga os mesmos procedimentos aqui descritos para instalação e se o erro continuar persistindo, faça o mesmo procedimento para corrigir o erro.

Escolha a sua versão para download de acordo com o seu sistema, 64 ou 32 bits:
  • LINUX_64 OpenGL, CUDA (Linux (RHEL 4.6 and later) 64-bit Intel/AMD x86_64 w/ SSE, with CUDA) --- 64 bits
  • LINUX OpenGL, CUDA (Linux (RHEL 4.6 and later) Intel/AMD x86 w/ SSE, with CUDA) --- 32 bits

Após clicar em um dos links, faça a registração, logue-se, aceite a licença e faça o download.

Para a versão 64 bits, é possível fazer o download pelo wget no seguinte link:

# wget http://folk.uio.no/anderhaf/fys3150/vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz

Salve o arquivo em um diretório de sua escolha, atualize o sistema e instale as dependências:

# apt-get update
# aptitude safe-upgrade
# aptitude install binutils module-init-tools
# apt-get install csh tcsh
# apt-get install libstdc++6
# apt-get install rlwrap

Descompactando e instalando:

# tar -xzvf vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz
# cd vmd-1.9.1

Depois faça:

# ./configure
# cd src
# make install

Terminará com: «VMD installation complete. Enjoy!

Execute:

# vmd

... e deverão abrir as janelas do VMD.

Configuração

Caso apareça o seguinte erro: «rlwrap: No match.

Edite o arquivo:

# vim /usr/local/bin/vmd

Usei o vim, uses teu editor preferido. Dentro do arquivo, encontre essa parte:
  # detect if we have rlwrap available to have commandline editing
  set vmdprefixcmd=""
  if (("${ARCH}" == "LINUX") || ("${ARCH}" == "LINUXAMD64")) then
  set rlwrap=`which rlwrap`
  if ( -x "$rlwrap" ) then
  if ( -f ${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat ) then
  set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ -f ${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat "
  else
  set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ "
  endif
  endif
  endif

E deixe ela assim:

# detect if we have rlwrap available to have commandline editing
set vmdprefixcmd=""
if (("${ARCH}" == "LINUX") || ("${ARCH}" == "LINUXAMD64")) then
set rlwrap=`which rlwrap`
if ( -x "$rlwrap" ) then
if ( -f ${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat ) then
# set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ -f ${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat "
set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -f ${MASTERVMDDIR}/vmd_completion.dat "
else
# set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c -b(){}[],&^%#;|\\ "
set vmdprefixcmd="rlwrap -C vmd -c "
endif
endif
endif

Basicamente, comente as duas linhas colocando um # na frente delas e acrescente as outras duas embaixo de cada uma.

O problema está na flag -b, seguida pela expressão regular -b(){}[],&^%#;|\\ , é só suprimí-las e o VMD funcionará normalmente no Debian.

O aviso aparenta ser um problema do CSH, que não consegue interpretar a expressão regular, por isso o aviso rlwrap: No match, ou seja, rlwrap: não combina, não corresponde.

Entrei no arquivo /usr/bin/rlwrap para encontrar a correspondência da expressão, porém, o mesmo é um arquivo binário e como não tem necessidade destrinchá-lo, encontrei a solução nesse link, mexendo no arquivo /usr/local/bin/vmd.

O rlwrap (readline wrapper) executa um comando especificado, interceptando a entrada do usuário a fim de fornecer a edição de uma linha, a história persistente e a conclusão. Resumindo, o rlwrap, a grosso modo, faz com que o comando vmd seja devidamente interpretado no terminal, sendo que a execução do VMD se dá de forma completa, mesmo com as alterações feitas.

Maiores informações:

man rlwrap

Faça as alterações, salve, saia do arquivo e execute:

# vmd

... que deverá abrir as janelas do VMD. Enjoy.

Para remover, entre nos diretórios:
  • /usr/local/bin e /usr/local/lib.
  • Delete a pasta vmd, em cada um deles.
E reinstale uma nova versão, se quiser.

   

Páginas do artigo
   1. Instalação / Configuração
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Comentários
[1] Comentário enviado por fabio em 23/12/2014 - 12:39h

Pergunta que não quer calar: como é que você chegou à este software? :)

[2] Comentário enviado por buckminster em 23/12/2014 - 13:17h


[1] Comentário enviado por fabio em 23/12/2014 - 12:39h:

Pergunta que não quer calar: como é que você chegou à este software? :)


Eu trabalhei com simulação computacional no mestrado, usei o VMD, o Molden, além de outros softwares próprios para isso.

E o tópico derradeiro que me convenceu a escrever o artigo foi este:
http://www.vivaolinux.com.br/topico/Blender/rlwrap-No-match

O Debian tem um pacote de ciências nos repositórios com mais de 30 programas.

[3] Comentário enviado por alexcamargoweb em 25/05/2015 - 13:07h

Parabéns pelo tutorial.
Realmente, no Debian (e derivados) temos este problema.
Obrigado.

Alex


[4] Comentário enviado por iagolira em 02/01/2017 - 20:25h

Olá buckminster,
Instalei a versão 1.9.3 que a nova versão do VMD, mas quando quando executei no terminal saiu o seguinte:


/usr/local/lib/vmd/vmd_LINUXAMD64: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libGL.so.1: no version information available (required by /usr/local/lib/vmd/vmd_LINUXAMD64)
Info) VMD for LINUXAMD64, version 1.9.3 (November 30, 2016)
Info) http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Info) Email questions and bug reports to vmd@ks.uiuc.edu
Info) Please include this reference in published work using VMD:
Info) Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K., `VMD - Visual
Info) Molecular Dynamics', J. Molec. Graphics 1996, 14.1, 33-38.
Info) -------------------------------------------------------------
Info) Multithreading available, 2 CPUs detected.
Info) CPU features: SSE2
Info) Free system memory: 6714MB (89%)
Info) No CUDA accelerator devices available.
Warning) Detected X11 'Composite' extension: if incorrect display occurs
Warning) try disabling this X server option. Most OpenGL drivers
Warning) disable stereoscopic display when 'Composite' is enabled.
Info) OpenGL renderer: Gallium 0.4 on AMD RS880
Info) Features: STENCIL MSAA(4) MDE CVA MTX NPOT PP PS GLSL(OVF)
Info) Full GLSL rendering mode is available.
Info) Textures: 2-D (8192x8192), 3-D (512x512x512), Multitexture (8)
terminate called after throwing an instance of 'std::runtime_error'
what(): Error. OSPRay only runs on CPUs that support at least SSE4.1.
rlwrap: warning: vmd crashed, killed by SIGABRT.
rlwrap itself has not crashed, but for transparency,
it will now kill itself (without dumping core) with the same signal


warnings can be silenced by the --no-warnings (-n) option
Aborted

Que pode ser isso?

Obrigado pela atenção.

Nome: Francisco Iago Lira Passos
Curso: Mestrando em Física


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