Para compilar seus fontes via WEB, acesse o browser via a URL: 
http://localhost/encoder.php
Se aparecer uma tela rocha é que deu certo :P.
No campo abaixo coloque onde você mantém os fontes de seus ".php":
Source file or directory name: /var/www/htdocs/site/www 
Nesse de baixo  coloque algum diretório onde ele deverá salvar 
os compilados: 
Target file or directory name: /var/www/htdocs/site/www.compilado
PS: Lembrando que ele cria automaticamente o diretório,  se você 
trabalha com alguma ferramenta de template tipo um 
Smarty 
(
smarty.php.net), você precisa 
copiá-los para o diretório de compilados e também:
-  javascript.js
-  css.css
-  imagens
Por isso é interessante manter sua árvore de diretórios web o 
mais estruturada possível para não dar zica.
Nesse abaixo deixe o padrão "php":
PHP suffixies (comma separated list): php
Nessa última configuração coloque apenas:
Options:  encode directories recursively
e dê um "Ok".
Na tela a seguir aparecerá em verde claro:
Turck MMCache Encoder 2.4.6
Encoding: "/var/www/htdocs/fupe/www/admin/arruma_informacoes_vol.php" -> "/var/www/htdocs/fupe/www.compilado/admin/arruma_informacoes_vol.php"
Encoding: "/var/www/htdocs/fupe/www/admin/basquetebol.php" -> "/var/www/htdocs/fupe/www.compilado/admin/basquetebol.php"
Encoding: "/var/www/htdocs/fupe/www/admin/boletins.php" -> "/var/www/htdocs/fupe/www.compilado/admin/boletins.php"
Encoding: "/var/www/htdocs/fupe/www/admin/cadastros.php" -> "/var/www/htdocs/fupe/www.compilado/admin/cadastros.php"
Encoding: "/var/www/htdocs/fupe/www/admin/campeonatos.php" -> "/var/www/htdocs/fupe/www.compilado/admin/campeonatos.php"
Encoding: "/var/www/htdocs/fupe/www/admin/campeonatos_fases.php" -> "/var/www/htdocs/fupe/www.compilado/admin/campeonatos_fases.php"
Encoding: "/var/www/htdocs/fupe/www/admin/campeonatos_grupos.php" -> "/var/www/htdocs/fupe/www.compilado/admin/campeonatos_grupos.php"
Encoding: "/var/www/htdocs/fupe/www/admin/campeonatos_modalidades.php" -> "/var/www/htdocs/fupe/www.compilado/admin/campeonatos_modalidades.php"
Encoding: "/var/www/htdocs/fupe/www/admin/campeonatos_series.php" -> "/var/www/htdocs/fupe/www.compilado/admin/campeonatos_series.php"
Encoding: "/var/www/htdocs/fupe/www/admin/campeonatos_times.php" -> "/var/www/htdocs/fupe/www.compilado/admin/campeonatos_times.php"
Encoding: "/var/www/htdocs/fupe/www/admin/desclassificar_time.php" -> "/var/www/htdocs/fupe/www.compilado/admin/desclassificar_time.php"
Encoding: "/var/www/htdocs/fupe/www/admin/fases.php" -> "/var/www/htdocs/fupe/www.compilado/admin/fases.php"
Encoding: "/var/www/htdocs/fupe/www/admin/fases_times.php" -> "/var/www/htdocs/fupe/www.compilado/admin/fases_times.php"
Encoding: "/var/www/htdocs/fupe/www/admin/futebol_campo.php" -> "/var/www/htdocs/fupe/www.compilado/admin/futebol_campo.php"
Se não aparecer nenhuma linha em vermelho é que ocorreu tudo 
maravilhosamente bem!
Para compilar seus fontes via linha de comando, apenas um arquivo:
$ php -q encoder.php -f input.php -o output.php
Vários arquivos:
$ php -q encoder.php -rcf input_dir -o output_dir
Caso queira dar uma melhorada no Turck, tem algumas opções legais:
Links
Site oficial:
Outros compiladores e cacheadores:
Alguns sites que utilizam Turck: