Adicionando repositório PPA

Remova tudo que foi instalado manualmente ou de outras instalações do Fingerprint GUI. Ou seja, todos os binários, bibliotecas, outros arquivos e principalmente configurações que tenham sido feitas em /etc/pam.d.

Adicione o PPA a sua lista de repositórios.

sudo add-apt-repository ppa:fingerprint/fingerprint-gui
sudo apt-get update

Instale o fingerprint-gui:

sudo apt-get install fingerprint-gui policykit-1-fingerprint-gui

Como no meu caso o driver utilizado no leitor biométrico é proprietário, 147e:1000, é preciso instalar a biblioteca proprietária disponibilizada por eles. Alguns outros drivers proprietários que também deverão seguir o próximo passo {0483:2015, 0483:2016, 147e:2015, 147e:2016, 147e:1000, 147e:1001, 147e:1002, 147e:1003, 147e:3000, 147e:3001, 147e:5002 e 147e:5003}.

Porém, se o seu driver pertence a esta lista de drivers suportados, ignore este passo.

sudo apt-get install libbsapi

Deslogue-se de sua sessão e logue-se novamente.

Vá em Sistema -> Preferências -> Fingerprint GUI e cadastre suas digitais.

Pronto! Agora tente travar a tela, iniciar o Synaptic, usar o sudo no terminal ou deslogar-se e logar-se.