-- Terminamos de exportar, ok?
O arquivo exportado não tem senha e nenhuma chave com valores de autenticação SSH. Lembro, que isto não é ruim. Tendo em vista que este tipo de informação é privada para cada máquina.

-- Sou esperto e manjo o registro.
Mesmo que você se sinta capaz, plenamente, para realizar uma pequena alteração ao registro que você diz conhecer tanto: NÃO FAÇA.

Não recomendo alterar nenhuma chave nem path do registro do Windows (a fantástica região onde moram os duendes da Microsoft). Sei, certamente, que existem exceções em casos que nem preciso comentar (risos), mas fica o alerta assim mesmo.

-- Auth Keys (SSH)
Para quem tem costume de utilizar chaves públicas para autenticação automática em servidores irá precisar gerar estas chaves novamente. Cada máquina tem sua chave.

-- Quero testar
Consiga uma máquina para usar o Putty, configurá-lo e exportar estas confs. Em uma outra máquina você importa o registro. Não adianta deletar o Putty e baixar um novo para testar, assim mesmo o novo Putty que for baixado terá as confs já reconhecidas no registro.

-- Tuning de Putty?
Consegui um arquivo que altera minhas confs para promover tuning ao Putty e vou importa-las para meu registro, beleza? (Resposta: Não)

Você não tem como saber se o arquivo que conseguiu irá alterar somente as chaves ou registros para o Putty, então não mescle nenhuma chave que venha de fonte desconhecida.