Há muita discussão pela rede sobre o por quê da necessidade de se criptografar discos. O mais importante a se pensar ao criptografar os discos é não se comprometer com os dados que você possa ter em seu sistema. Não vou entrar no mérito político dos porquês. Acredito que quem procura por documentação sobre criptografia já está decidida/o a fazer uso da mesma.

Atualmente há vários métodos de criptografia disponíveis dos quais por exemplo loop-aes. Minha escolha por cryptsetup-luks com dm-crypt se deu por ser considerado o método adequado para grande volume de dados (criptografei meu quase que meu disco todo), por não ter uma perda muito grande na performance (o ganho com a segurança me parece compensar esta eventual perda) e por ser considerado o mais seguro.

Há muito tutoriais na rede sobre o assunto, o principal, pelo qual me baseei é Security System Encryption DM-Crypt with Luks Alguns métodos de criptografia da partição root incluem o uso de um pendrive com uma senha criptografada no qual nem mesmo você poderá saber qual a senha. O problema em relação a este tipo de método é que se você perder o pendrive ou ele parar de funcionar, você não poderá NUNCA MAIS descriptografar seu sistema. Assim eu optei por uma alternativa menos severa mas nem por isso insegura, que é utilizar um cdrom para bootar o sistema e manter uma partição de boot não-encriptada para o caso de perda ou danificação do cdrom. Este método é baseado neste antigo e ultrapassado howto: Encrypted Root Filesystem HOWTO.