Ler uma sequências fasta e separar por tamanho [Bioinformática]

O presente script lê um arquivo no formato fasta e separa por tamanhos < 9000; < 18000; >18000 em três arquivos diferentes. Como utilizar? 1) Após download é preciso alterar a permissão do arquivo: chmod +x get_by_length.pl 2) O script pode ser executado assim: ./get_by_length.pl arquivo.fasta ou perl get_by_length.pl arquivo.fasta O resultado será direcionado para três arquivos diferentes: arquivo.fasta_9000.fasta arquivo.fasta_9000_18000.fasta arquivo.fasta_18000_20504.fasta

Por: José Cleydson Ferreira da Silva


Download do banco de dados NCBI NR (DNA)

Esse script faz o download do banco de dados do NCBI (Amino Ácido). Esse banco possui todos os dados referentes a DNA de diversas espécies que já foram decifradas e que estão disponibilizadas para a comunidade cientifica de todo o mundo.

Por: José Cleydson Ferreira da Silva


Download do Banco de dados NCBI NT (DNA)

Esse script faz o download do banco de dados do NCBI (Nucleotídeo). Esse banco possui todos os dados referentes a DNA de diversas espécies que já foram decifrados e estão disponibilizados para a comunidade científica de todo o mundo.

Por: José Cleydson Ferreira da Silva


Função Desvio Padrão

Este script possui uma classe em php que calcula o desvio padrão e uma classe para usar o desvio padrão.

Por: José Cleydson Ferreira da Silva


Script para rodar software Mr Bayes em paralelo

Este script foi elaborado em função de executar o software Mr Bayes em paralelo, para minimizar tempo e esforço.

Por: José Cleydson Ferreira da Silva






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