Eu acho que o remastersys resolve o seu problema, e só você instalar ele no seu pendrive e com isso criar uma iso do jeito que o sistema está instalado.
Esse artigo mostra em detalhes como fazer o processo:
15. Re: Gravar imagem iso do pendrive e deixar ela bootavel
removidousa Nenhuma
Post recolhido
Enviado em 29/10/2010 - 00:39h
É uma excelente idéia.
Só tome cuidado ao usar o Remastersys, se tiver pouca memória ele pode estragar seu sistema.
Precisa de pelo menos de 3 a 4G livres, dependendo do tamanho que vai criar o DVD.
O aplicativo vai gerar a imagem: 'customdist.iso' dentro do próprio diretório do Remastersys, depois crie o Live/DVD com o Brasero ou K3B (melhor esse).
Se der certo, a 'Melhor Resposta' é do colega acima.