Erro ao tentar instalar o blast

pirotess
(usa openSUSE)

Enviado em 12/10/2011 - 08:26h

Olá,

Gostaria de o instalar o blast-2.2.15-x64-linux disponivel em ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/release/2.2.15/. Até o momento minhas tentativas de instalação deram errado. Sei que no repositório suse tem a opção de baixar a versão ncbi-blast 1-click, mas estou refazendo uma pesquisa e devo usar a versão 2.2-15 dele. Como eu posso fazer essa instalação pela linha de comando?

cleysinhonv
(usa Ubuntu)

Enviado em 12/10/2011 - 12:36h

O método clássico de instalação é assim:

Descompactar o arquivo
tar -xvzf blast-2.2.15-x64-linux

Entar na pasta descompactada
cd blast-2.2.15-x64-linux

# Compilar

./configure
make
make install

Ou
./configure
make

Post o erro aqui para melhor te ajudar.

nicolo
(usa Ubuntu)

Enviado em 12/10/2011 - 12:46h

Beleza, o post acima descreve o procedimento, mas ANTES,
INstale os pacotes dfe compilação
algo como build-essential e os kernel headers e em alguns casos o fonte do kernel rodante.
Se os gcc não estiverem instalados nao vai compilar nada.

cleysinhonv
(usa Ubuntu)

Enviado em 12/10/2011 - 14:20h

Ótima sugestão;

Mas para open Suse não encontrei nos repositórios os headers, apenas o source mas não sei se é a mesma equivalência. Talvez seria interessante atualizar os repositórios. De os seguintes comandos no terminal:

# Logar como root
su
e coloque a senha de root

sudo su
e coloque a senha de usuário

# Atualizar os repositórios
zypper up

felipepratalima
(usa Debian)

Enviado em 14/10/2011 - 16:44h

Olá,

Pode ser que você precise (ou talvez tenha esquecido) de um chmod +x (http://en.wikipedia.org/wiki/Chmod).

Então, não sei se vai funcionar pra você (Você está no Suse né !? Nunca usei, mas acho que não será diferente.), mas lá vai (com a versão para linux):
1. Descompacta o arquivo (com o tar -zxvf).
2. Cria o .ncbirc (se necessário, é bom testar antes sem criar o .ncbirc, porque pode ser que nas versões mais novas nem precise) - vê o tópico 7 em http://www.ncbi.nlm.nih.gov/staff/tao/URLAPI/unix_setup.html#7.
3. E roda um chmod +x nos programas que você quer executar, por exemplo "chmod +x blastall".

Abraço,
Felipe Prata.

felipepratalima
(usa Debian)

Enviado em 14/10/2011 - 16:48h

Sim, outra coisa ... você baixou a versão x64 que é pra 64 bits. Verifica se é essa versão mesmo que você quer (lá no diretório tem a versão para 32 bits (ia32) também).

Boa sorte!
Felipe Prata.

cleysinhonv
(usa Ubuntu)

Enviado em 17/01/2012 - 08:20h

Olá Felipe,

Acredito que possa ter resolvido o problema de instalação do BLAST.

Vou colocar aqui os passos para instalar em Debian e Ubuntu

Atualizar a base de informações sobre pacotes disponíveis

# apt-get update

# Verificar se o BLAST esta disponível nos mirros/repositório

#apt-cache search ncbi

cleysinho@androide:~/Área de Trabalho/Database$ apt-cache search ncbi
libbio-asn1-entrezgene-perl - parser for NCBI Entrez Gene and NCBI Sequence records
libncbi6-dbg - NCBI libraries for biology applications (debugging symbols)
libvibrant6a-dbg - NCBI libraries for graphic biology applications (unstripped)
ncbi-rrna-data - large rRNA BLAST databases distributed with the NCBI toolkit
opensyncutils - Command line utilities for libopensync
ncbi-epcr - Ferramenta para testar uma sequência DNA para a presença de pontos etiquetados de sequência
wise - comparação de biopolímeros, normalmente DNA e sequências proteicas
biococoa.app - miniaplicativo GNUstep para converter formato de arquivos de seqüências biológicas
kbibtex - editor BibTeX para KDE
libncbi6-dev - bibliotecas NCBI para aplicações de biologia (arquivos de desenvolvimento)
libvibrant6-dev - bibliotecas NCBI para aplicações gráficas de biologia (arquivos de desenvolvimento)
libvibrant6a - NCBI libraries for graphic biology applications
ncbi-tools-bin - NCBI libraries for biology applications (text-based utilities)
libncbi6 - NCBI libraries for biology applications
ncbi-tools-x11 - NCBI libraries for biology applications (X-based utilities)
blast2 - Basic Local Alignment Search Tool
ncbi-blast+ - next generation suite of BLAST sequence search tools
ncbi-blast+-static - next generation suite of BLAST sequence search tools
ncbi-blast+-legacy - NCBI Blast legacy call script
bio-linux-blast+ - Blast+ contains new builds of the popular blast family of programs from the NCBI.
ncbi-data - Platform-independent data for the NCBI toolkit
bio-linux-sequin - Transitional package that provides bio-linux-ncbi-tools-x11
bio-linux-ncbi-tools-x11 - NCBI libraries for biology applications (X-based utilities)
mira-3rdparty - Additional useful tools to accomapany the MIRA assembler
bio-linux-taxinspector - TaxInspector is a browser for entries in the NCBI taxonomy database.
bio-linux-blast - Rapid searching of nucleotide and protein databases.


# Para instalar

# apt-get install ncbi-blast+