Uma forma de colocar uma janela no centro da tela, em modo flutuante, é ocultando ela no scratchpad (bloco para uso diverso) e depois exibindo-a.

Veja o que diz o texto do documento do i3wm diz:

"... the window will be shown again, as a floating window, centered on your current workspace..."

Para isso basta editar o arquivo de configuração do i3:

vim .config/i3/config

E adicionar:

# Tornar a janela atual em scratchpad
bindsym $mod+Shift+minus move scratchpad

# Exibir a primeira janela oculta em scratchpad
bindsym $mod+minus scratchpad show

Depois reinicie o i3 (Mod+Shift+r) e use o atalho "Mod+Shift+menos" para ocultar e "Mod+menos" para exibir.

Qual o objetivo disso? Primeiro é a possibilidade de ocultar coisas que não precisam ficar sempre visíveis, como um player de música ou um ocasional terminal. Outra seria colocar uma janela de trabalho, como um editor de texto, no centro de uma tela grande, tornando mais confortável o seu uso. Fonte: https://i3wm.org/docs/userguide.html