A configuração foi toda feita e testada no Ubuntu 15.04, pode ser que existam algumas diferenças dependendo da distribuição Linux que você estiver utilizando.

Vamos lá... Existem 3 passos para alterarmos a localização padrão do servidor Apache.

1. Alterar configuração do arquivo de configuração do Apache:

No caso do Ubuntu esse arquivo se chama apache2.conf e fica localizado em /etc/apache2/apache2.conf. Em outras distros pode ser que esse arquivo se chame httpd.conf.

Com este arquivo aberto precisamos encontrar a parte de configuração do diretório /var/www/ que deve aparecer da seguinte forma (ou parecido com isso):


O parâmetro Directory deverá ser alterado para o novo caminho padrão de execução. No caso vamos supor que o caminho seja "/home/user/www":


Aproveitando, retirei a "Option Indexes" para que o servidor não liste os diretórios por padrão e já habilitei a opção de "AllowOverride" para que seja possível usar o htaccess.

2. Alterar a configuração padrão de VirtualHost:

No Ubuntu o caminho para o arquivo de VirtualHost padrão é /etc/apache2/sites-enabled/000-default.conf.

Encontre o parâmetro "DocumentRoot" e o altere para o caminho desejado (no caso "/home/user/www"):


3. Setar as permissões corretas para o user do Apache poder executar na pasta escolhida como padrão:

No caso do Ubuntu o user se chama "www-data", em outras distribuições, como CentOS, é "apache" mesmo. Nesta configuração, estamos alterando a localização para uma pasta do usuário comum do sistema.

Então uma dica é adicionar o usuário do Apache ao grupo do usuário comum e conceder as permissões adequadas ao grupo do usuário comum.

Supondo que o usuário "user" seja por padrão do grupo "user", basta adicionar "www-data" ou "apache" ao grupo "user". Isto pode ser feito com o seguinte comando:

# gpasswd -a www-data user

Agora reinicie seu servidor Apache:

# service apache2 restart

Pronto. Ao acessar seu servidor você já deverá conseguir navegar nos projetos de sua pasta "/home/user/www".