Se você deseja copiar um arquivo mantendo a estrutura do diretório, você pode usar o comando cp da seguinte forma:

cp --parents [origem] [destino]

ATENÇÃO: Será copiada a estrutura de diretório a partir de [origem].

Exemplo:

$ cp --parents /home/joao/teste.txt /backup

Teremos assim uma cópia do arquivo teste.txt na seguinte pasta:

/backup/home/joao/teste.txt.

Agora, imaginando que você está na pasta /home e ao invés do comando acima, fosse digitado dessa forma:

$ cp --parents joao/teste.txt /backup

Teríamos agora uma cópia do arquivo teste.txt na seguinte pasta:

/backup/joao/teste.txt.

Espero ter ajudado!