XcrySden no OpenSuse, Fedora e derivados - Tutorial de instalação

Publicado por wanderson lobato ferrreira em 13/07/2015

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XcrySden no OpenSuse, Fedora e derivados - Tutorial de instalação



XCrySDen é um software que simula a visualização da estrutura molecular e cristalina. Ainda fornece outras importantes funções.

Pode ser utilizado para visualização da estrutura química para os seguintes softwares de simulação ab initio:
  • GAUSSIAN
  • Pwscf
  • CRYSTAL
  • FHI98md
  • WIEN2K

Para utilizar o programa, é necessário encontrar arquivos que contenham informações da substância estudada. Esses formatos especificam a geometria da molécula ou átomo.

Existem muitos formatos de arquivos de química. Os formatos aceitos pelo XCrySDen são: XYZ, PDB e XFS - que é seu formato padrão.

Procedimentos

1. Faça o download do software no endereço:
2. Após descompactar o arquivo ".tar.gz-arquivo", cada usuário deve definir duas variáveis ambiente: XCRYSDEN_TOPDIR e XCRYSDEN_SCRATCH. Isso pode ser facilitado pelo script "xcConfigure", que faz algumas perguntas e configura o pacote accoring aos desejos do usuário.

Dependendo do shell que você está usando, se for bash, basta adicionar as linhas ao arquivo "~/.bashrc":

export XCRYSDEN_TOPDIR=/some/directory/path
export XCRYSDEN_SCRATCH=/some/directory/path

Para acessá-lo, digite no terminal:

vi $HOME/.bashrc

Grave as modificações e saia.

3. Entre no diretório do Xcrysden e execute o seguinte script no terminal:

./xcConfigure

4. O script xcConfigure modifica seu perfil (".bashrc", ou ".profile", ou ".cshrc", dependendo do shell). Ele define as duas variáveis ambiente (XCRYSDEN_TOPDIR e XCRYSDEN_SCRATCH) e modifica a variável PATH, incluindo o $ XCRYSDEN_TOPDIR para o caminho.

Então, você deve abastecer o perfil correspondente, a fim de carregar as definições recém-adicionados. Se você estiver usando o "csh" ou "tcsh-shell", em seguida, execute:

source ~/.cshrc

Para para sh-shell, execute:

. ~/.profile

Para bash-shell execute:

. ~/.bashrc

5. Então, finalmente, você pode executar o programa com o comando no terminal:

Xcrysden

Referências


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Comentários
[1] Comentário enviado por Lwkas em 14/07/2015 - 02:47h

Muito bom!



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