O Gnome por padrão não oferece uma transparência real para seus painéis. Para isto você pode substituir a imagem do painel. Eu, porém, usarei outra técnica: um recurso do Compiz. Sugeri no meu artigo "Diferentes áreas de trabalho com diferentes wallpapers" um artifício para deixar suas áreas de trabalho com wallpapers diferentes. Deparei-me, porém, com um problema, questionado por Érick Victor de Oliveira Guedes: "A transparência mostra um papel de parede só! Como resolver isto?".

Simples. Para começar, abra o Gerenciador de Configurações do Compiz, em Sistema > Preferências > Advanced Desktop Effects Settings, ou simplesmente dando um Alt+F2 e digitando "ccsm".

Já na tela padrão, vá em "General Options", aba "Opacity Settings". Crie um novo padrão, clicando em "New" (ou Novo, como estiver aí).

Na janelinha que abrir, digite "dock" (sem as aspas) em Opacity Windows. Você já verá uma transparência completa. Agora, para a regular, coloque um valor em "Opacity Windows Values" como 85. Isto significa que você está colocando 15% de transparência. Se colocar 75, a transparência será de 25% e por aí vai.

Sugiro que, neste ponto, você abra as propriedades do painel do próprio Gnome e coloque, como fundo, uma cor sólida, como o branco (atenção: totalmente opaco para não aparecer o famigerado plano de fundo "gnomístico").

Okay, agora você tem um painel semi-transparente. Quer adicionar tal propriedade aos menus? Adicione um novo padrão, digitando, desta vez, "dropdownmenu". Os menus principais estão transparentes! Quer que o menu de programas torne-se transparente? Desta vez, digite "popupmenu".

Você pode adicionar transparência a muitas outras coisas. na janelinha "Editar", clique no botão de mais e vá testando! :D

Até mais!