Depois de pesquisar muito, eu encontrei no Youtube a solução para o fato/bug de o Emerald não funcionar no Ubuntu 11.04 Natty Narwhal.

Fonte: http://www.youtube.com/watch?v=-QSe1NtCNCg

1. Abra o terminal.

2. Se já tiver o Emerald instalado digite:

sudo apt-get purge emerald

Será pedida sua senha. (Observe que enquanto você digita nada aparece no terminal).

Após digitar a senha, tecle ENTER.

3. Após a desinstalação do Emerald, digite:

sudo apt-get install git autoconf libtool libwnck1.0-cil-dev libwnck-dev intltool libdecoration0-dev libemeraldengine0

Aguarde a instalação dos pacotes.

Após terminar.

Atenção: os próximos passos serão executados como usuário comum e não usando o sudo ou o root.

4. Crie uma pasta oculta na sua pasta pessoal (para melhor organização):

Digite no Terminal:

mkdir .emerald-git

5. Obtendo código fonte do Emerald através do git:

Digite no Terminal:

cd .emerald-git
git clone git://anongit.compiz.org/fusion/decorators/emerald

Aguarde o fim do processo.

6. Digite no terminal:

cd emerald
git checkout -b compiz++ origin/compiz++
./autogen.sh

Aguarde o fim do processo.

6. Digite no terminal:

./configure -prefix=/usr/local
make

Aguarde o fim do processo.

7. Este último processo é executado usando sudo ou como root:

sudo make install

Digite a sua senha.

Tecle ENTER.

Aguarde o fim do processo e depois feche o terminal.

8. E para que o Emerald inicie junto com o sistema:

Vá nas configurações do Compiz - caso não tenha o ccsm, instale, onde estiver gtk-window-decorator ou unity-window-decorator, substitua por emerald --replace. E por último, se você quiser usar o Emerald antes de reiniciar a sessão:

Tecle alt+F2.

Digite emerald --replace

Pronto! Pode desfrutar do Emerald :D

Para voltar ao que estava, remova o Emerald de Aplicativos de sessão e depois;

Tecle alt+F2

Digite:

gtk-window-decorator

Se estiver usando o Ubuntu Classic, ou:

unity-window-decorator

Se estiver usando o Unity (como eu).

Eu testei No Ubuntu Classic e no Unity 3D. Funcionou super bem.

Espero ter ajudado. :D