Opa. Já faz quase dois anos que tenho esse problema, há muito tempo atrás eu até consegui ver vídeos sem piscar, mas por exemplo o Google Earth dava pau e o Cairo Dock no modo OpenGL não funcionava. Felizmente isso não me atrapalhou de usar o Linux com o Compiz, mas eu morria de inveja do Cairo Dock no modo OpenGL que no meu notebook LG r405 com placa de vídeo ATI 1250 não funcionava.

Bem, isso é um problema que afeta principalmente quem possui placas de vídeo da ATI e usam os efeitos do Compiz. É um problema com os drivers ATI, o suporte a OpenGL e uma briga entre AMD e comunidade Linux.

A dica é que a versão 10.04 do Ubuntu não apresenta esse problema. E eu fui descobrir só agora depois de meses usando essa versão ao tentar usar o Cairo Dock em modo OpenGL (nem sei porque tentei, rsrsrs).

Se é uma atualização da AMD ou uma melhoria feita pela comunidade de software livre, isso eu ainda não sei. Mas acredito que em breve outras distribuições tenham resolvido o problema também.

Então, o que está esperando? Se tem esse problema atualize sua distribuição ou teste o nova versão do Ubuntu (atualizada).