Depois de procurar muito e encontrar diversas soluções (inclusive com recompilação de kernel), terminei por achar a solução definitiva para fazer os touchpad Alps em distros com kernel 2.6 (no 2.4 funciona sem problemas ou configurações) funcionar.

Para fazê-lo funcionar, basta colocar no parâmetro APPEND do /etc/lilo.conf do LILO ou /boot/grub/menu.lst do GRUB o seguinte comando:

Grave as alterações e reinicie o computador.

Pronto! Seu Alps Tochpad está funcionando, o resto são configurações no arquivo de configuração do seu ambiente X (Xorg ou XFree).