Dica testada na distribuição Fedora 22 com Xfce.

Uma maneira simples de converter seus livros ou documentos que estão no formato PDF para outro formato portátil como o EPUB ou MOBI, no Linux, é através do leitor, organizador e conversor Calibre.

Instale o aplicativo. No Fedora o comando é:

sudo dnf install calibre

Abra o programa.

Quando aparecer a lista dos seus arquivos, clique sobre aquele que deseja converter com o botão direito e escolha "Converter livros".

Selecione arquivos em massa ou individualmente. Escolha o formato e converta! Aguarde o processo... Tendo o Calibre instalado, também pode usar o comando:

ebook-convert arquivo.pdf arquivo.epub --enable-heuristics