Bioinformática - Montagem de genoma com AMOS

Publicado por José Cleydson Ferreira da Silva em 23/09/2010

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Bioinformática - Montagem de genoma com AMOS



1. Sobre o AMOS

AMOS é um ferramenta para infraestrutura de montagem de genomas. É um software livre e de código aberto licenciado pela GNU/Linux.

AMOS é composto por três pacotes importantes:
  • AMOScmp - Um comparativo de montagens;
  • Minimus - Uma montagem básica para pequenas bases de dados;
  • ABBA - Montagem impulsionada por sequencia de aminoácidos.

O desenvolvimento do AMOS é mantido por diversos Institutos, Laboratórios e Universidades, como mostra abaixo abaixo.
Linux: Bioinformática - Montagem de genoma com AMOS
Centro de Bioinformática e Biologia computacional - Universidade Maryland:
  • Direção e organização do projeto
  • Infraestrutura
  • Edição e automação de sequencias
  • Detecção de sobreposição

Instituto de pesquisa Genômica:
  • Criação pipelines
  • Ferramentas automatizadas
  • Correção de erros

Instituto Karolinska:
  • Detecção de sobreposição
  • Correção de erros

Laboratório Biológico Marine - Woods Hole
  • Interface gráfica
  • Integração de montagem de dados com analise de gene, polimorfismo.

2. Instalação do AMOS

O software pode ser obtido no site do projeto e obter outras informações que não foram documentadas aqui. O processo de instalação conta com uma série de dependências que necessitam de uma atenção especial antes de começar a compilação do pacote. Abaixo segue os pacotes necessários para a instalação inicial.

# aptitude install cvs ash coreutils gawk gcc automake mummer mummer-doc libboost-dev

Para obter-se o AMOS pode-se utilizar os pacotes que estão disponíveis no sourceforge, há duas maneiras para baixá-lo; Como utilitário wget que irá pegar o arquivo compactado e através do repositório cvs que neste caso é o mais indicado. A sequência de comandos abaixo mostrará como instalar.

Ir para o diretório de instalação:

# cd /opt/

Baixar o software pelo cvs:

# cvs -z3 -d:pserver:anonymous@amos.cvs.sourceforge.net:/cvsroot/amos co -P AMOS

Instalar dependências:

# aptitude install ash coreutils gawk gcc automake mummer mummer-doc libboost-dev libstatistics-descriptive-perl libdbi-perl ibqt3-headers

Entrar no diretório onde estão os códigos fontes:

# cd /opt/AMOS

Rodar o arquivo bootstrap:

# ./bootstrap

Rodar arquivo de configuração da instalação:

# ./configure --with-Qt-dir=/usr/share/qt3

Comandos para a compilação:

# make
# make check
# make install


Copiar os arquivos executáveis para o diretório usr/local/bin/:

# cp /usr/local/AMOS/bin/* /usr/local/bin/

Opção para baixar o software pelo wget (OPCIONAL):

# wget http://sourceforge.net/projects/amos/files/amos/2.0.8/amos-2.0.8.tar.gz/download

Após instalá-lo verá que no diretório /opt/AMOS/bin, conterá diversos arquivos executáveis. Eles são partes do programa que são usados para as diversas operações na manipulação do DNA. Para visualizar os executáveis use o comando abaixo:

# ls /opt/AMOS/bin

3. Sobre o autor

José Cleydson Ferreira da Silva, técnico em Tecnologia da Informação pela Escola Técnica de Viçosa, graduando em Sistemas de Informação - Faculdade de Viçosa-MG.

Iniciando em trabalhos com bioinformática.

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Comentários
[1] Comentário enviado por albfneto em 23/09/2010 - 15:10h

legal, sou professor e pesquisador científico, mas é área de Química

[2] Comentário enviado por cleysinhonv em 23/09/2010 - 15:56h

Olá Alberto,

Que bacana, tem uns programas de química para linux muito bacana. Bom vi que você é de Ribeirão Preto-SP, estive ai no final de Julho fazendo um curso de Bioinformática na Faculdade de Medicina, Você dá aulas de Química na USP?

[3] Comentário enviado por marconso em 01/02/2018 - 17:16h

Pow cara, achei muito bacana esse port. Estou começando agr na bioinformatica e tenho muita dificuldade em me atualizar quanto a metodologia "ideial" na montagem de genoma, sendo que constantemente os algoritimos mudam e cada paper mostra o utilizado no trabalho como melhor....
Gostaria que se possivel, se ainda estiver na bioinfo, se pudessemos trocar uma ideia sobre. Vlw pelo post []'s

[4] Comentário enviado por cleysinhonv em 01/02/2018 - 17:32h

Ola marcon,
Com certeza posso te ajudar a entender o processo de montagem de sequencias de DNA. Por favor me envie um email para que possamos nos comunicar.
Obrigado, por comentar!




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