Bioinformática - Instalação do SNAP workbench

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O SNAP workbench é um pacote de ferramentas que permite realizar análises evolutivas complexas, bem como, estudos dos mecanismos evolutivos em populações. Este post tem por objetivo apresentar de maneira simples o processo de instalação, com linguagem simples destinada usuários sem expertise em Linux.

Por: José Cleydson Ferreira da Silva

[Estudo de caso] Ferramentas Open Source tem sido um caso de sucesso na Biotecnologia e Bioinformática

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Este post tem por objetivo apresentar a importância de sistemas e de software de código aberto em uma área do conhecimento relativamente nova: a Bioinformática. A Bioinformática é uma área inter e multidisciplinar que envolve as áreas da Tecnologia da Informação como um todo e as áreas Biológicas como, por exemplo, ciências biológicas e Humanas (Medicina). Aqui nós queremos apresentar a conclusão de um trabalho em que Linux e os sistemas de código aberto foram importantes.

Por: José Cleydson Ferreira da Silva

Bioinformática - PhyML: alinhamento de sequências nucleotídicas em ambiente paralelo

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O PhyML é um software utilizado para se fazer estimativa e probabilidade filogênica em alinhamento de sequências nucleotídicas ou sequências de anino ácido. Atualmente está na versão 3.0, seu desenvolvimento teve participação de diversos cientistas de algumas universidades no mundo.

Por: José Cleydson Ferreira da Silva

Bioinformática - Clustalw-MPI: Análise Filogenética utilizando computação paralela e distribuída

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O software Clustalw-MPI é a ferramenta mais popular na implementação de múltiplo alinhamento de sequência de DNA. Sua principal diferença entre o software ClustalX dá-se a que ele possui uma melhor performance computacional devido realização do processamento em paralelo ou distribuído.

Por: José Cleydson Ferreira da Silva

Bioinformática - Análise Filogenética com Clustalx

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O Clustalx é um software para o alinhamento de sequências nucleotídicas, peptídicas e analises filogênicas. O Clustalx é software semi-livre segundo a sua forma de licenciamento. Embora possua características de software livre como permissão de execução de programa, não há permissão de uso para fins comerciais.

Por: José Cleydson Ferreira da Silva