Bioinformática - Instalação do SNAP workbench

O SNAP workbench é um pacote de ferramentas que permite realizar análises evolutivas complexas, bem como, estudos dos mecanismos evolutivos em populações. Este post tem por objetivo apresentar de maneira simples o processo de instalação, com linguagem simples destinada usuários sem expertise em Linux.

[ Hits: 1.802 ]

Por: José Cleydson Ferreira da Silva em 12/08/2017


SNAP Workbench



1.0 Sobre SNAP Workbench

O SNAP Workbench é um programa desenvolvido na linguagem de programação Java, que pode ser executado em diferentes sistemas operacionais por meio da Maquina Virtual Java. Esse programa coordena uma serie de programas de análise para inferir processos evolutivos em populações.

2.0 Instalação do SNAP Workbench em Linux

O bom funcionamento dependerá da instalação da maquina virtual Java. Ela possibilita o gerenciamento do programa dentro do sistema operacional Linux. Existem várias maneiras de se instalar a maquina virtual Java no sistema operacional em Linux, então pode-se escolher a melhor forma de realizá-lo.

2.1 Instalação do pacote fornecido pelo Ubuntu

Segue abaixo uma listagem de comandos de comandos para a instalação do java. O repositório do Ubuntu disponibiliza um pacote com o nome default-jdk, portanto será importante atualizar a base de dados de programas e verificar se o programa está disponível.

Seguindo os passos abaixo com os comentários será fácil instalar. Lembre-se de fazer esta operação com usuário administrador ou usuário root, o comando sudo irá proporcionar esse privilégio para a instalação.

a) Atualizar a base de dados:

sudo apt-get update

b) Procurar os pacotes disponíveis:

sudo apt-cache search default-jdk

Resultado será algo semelhante isso:

default-jdk - Standard Java or Java compatible Development Kit
default-jdk-doc - Standard Java or Java compatible Development Kit (documentation)
default-jdk-headless - Standard Java or Java compatible Development Kit (headless)
default-jre - Standard Java or Java compatible Runtime
default-jre-headless - Standard Java or Java compatible Runtime (headless)
openjdk-8-dbg - Java runtime based on OpenJDK (debugging symbols)
openjdk-8-demo - Java runtime based on OpenJDK (demos and examples)
openjdk-8-doc - OpenJDK Development Kit (JDK) documentation
openjdk-8-jdk - OpenJDK Development Kit (JDK)
openjdk-8-jdk-headless - OpenJDK Development Kit (JDK) (headless)
openjdk-8-jre - OpenJDK Java runtime, using Hotspot JIT
openjdk-8-jre-headless - OpenJDK Java runtime, using Hotspot JIT (headless)
openjdk-8-jre-jamvm - Alternative JVM for OpenJDK, using JamVM
openjdk-8-source - OpenJDK Development Kit (JDK) source files
icedtea-8-plugin - web browser plugin based on OpenJDK and IcedTea to execute Java applets
jtreg - Regression Test Harness for the OpenJDK platform
libhsdis0-fcml - HotSpot disassembler plugin using FCML
libreoffice - office productivity suite (metapackage)
openjdk-8-jre-dcevm - Alternative VM for OpenJDK 8 with enhanced class redefinition
openjdk-8-jre-zero - Alternative JVM for OpenJDK, using Zero/Shark
openjdk-9-dbg - Java runtime based on OpenJDK (debugging symbols)
openjdk-9-demo - Java runtime based on OpenJDK (demos and examples)
openjdk-9-doc - OpenJDK Development Kit (JDK) documentation
openjdk-9-jdk - OpenJDK Development Kit (JDK)
openjdk-9-jdk-headless - OpenJDK Development Kit (JDK) (headless)
openjdk-9-jre - OpenJDK Java runtime, using Hotspot JIT
openjdk-9-jre-headless - OpenJDK Java runtime, using Hotspot JIT (headless)
openjdk-9-source - OpenJDK Development Kit (JDK) source files
uwsgi-app-integration-plugins - plugins for integration of uWSGI and application
uwsgi-plugin-jvm-openjdk-8 - Java plugin for uWSGI (OpenJDK 7)
uwsgi-plugin-jwsgi-openjdk-8 - JWSGI plugin for uWSGI (OpenJDK 7)
uwsgi-plugin-ring-openjdk-8 - Closure/Ring plugin for uWSGI (OpenJDK 7)
uwsgi-plugin-servlet-openjdk-8 - JWSGI plugin for uWSGI (OpenJDK 7)
java-package - Utility for creating Java Debian packages


c) Instale os pacotes default-jdk:

sudo apt-get install default-jdk

2.2 Instalando em qualquer distribuição Linux

Para que os programas javac (responsável por compilar a aplicação) e java (responsável por executar a aplicação) sejam reconhecidos pelo shell, é necessário que a variável de ambiente $PATH seja modificada. Além disso, também deve ser definida a variável de ambiente $JAVA_HOME, que deve apontar para o diretório onde o JDK foi instalado.

Para isso devem ser adicionadas as seguintes linhas ao arquivo bash.bashrc (lembrando que o local de instalação do JDK pode variar, como no exemplo abaixo).

Exemplo 1:

export JAVA_HOME=/opt/java
export PATH=/opt/java/bin:$PATH

O pacote de instalação da Máquina Virtual Java está disponível no site java.sun.com. Há dois tipos de arquivos binários, um com extensão rpm.bin para distribuições Linux derivadas do Red Hat, outro com extensão .bin para as demais distribuições.

As etapas de instalação podem ser facilmente encontradas no poste Implementando servidor web Java com Tomcat no Linux.

3.0) Instalando o SNAP Workbench

A instalação do SNAP Workbench é mais simples que a instalação do Java em ambiente Linux diferentes. Entretanto deve-se saber dois procedimentos básicos, qual o diretório (Pasta) de instalação? Qual o diretório de execução?

Podemos utilizar o diretório /opt da distribuição Linux. Esse diretório é recomendado para a instalação de programas de terceiros. Porém você pode-se usar o diretório onde você descompactar o programa.

O download do programa pode ser feito por meio do site do projeto e, será necessário atribuir algumas informações para liberar o link para download. Realize o download do programa para a versão Linux no diretório /home do seu usuário. Para instalar iremos utilizar o terminal Linux, verifique se o programa está corretamente no home do usuário que você está logado no sistema. Siga o passo a passo abaixo para realizar a instalação.

1) Baixar:

wget http://carbonelab.org/system/files/Workbench_unix_1_0.tar

2) Descompactar o arquivo:

sudo tar -xvf Workbench_unix_1_0.tar

2) Criar o arquivo de execução no diretório /usr/local/bin:

touch /usr/local/bin/SNAPWorkbench

3) Abrir o arquivo e inserir os comandos para execução do SNAP Workbench:

sudo gedit /usr/local/bin/SNAPWorkbench

Cole o seguinte conteúdo:

#!/bin/bash
# Autor.: José Cleydson F. Silva
# v0.1
# Script para iniciar o programa SNAP Workbench


java -jar /opt/SNAP_Workbench/Workbench.jar

4) Alterar a permissão de execução:

chmod +x usr/local/bin/SNAPWorkbench

O programa SNAP Workbench já está instalado, para usar a ferramenta será necessário usar o terminal. Utilize o comando SNAPWorkbench para abrir tela inicial.

4.0) Resumo

Diretório de instalação: /home/usuario/SNAP_Workbench/ (lembre-se que é o seu usuário)

Lembrete: O diretório home/usuario/ por ser utilizado como /opt/ SNAP_Workbench.

Local de execução: /usr/local/bin/SNAPWorkbench

Comando para abrir: SNAPWorkbench

5.0) Sobre o autor

José Cleydson Ferreira Silva, possui mestrado em Ciência da Computação, atualmente doutorando em Genética e Melhoramento pela Universidade Federal de Viçosa/UFV. É usuário do Linux por filosofia.

   

Páginas do artigo
   1. SNAP Workbench
Outros artigos deste autor

O comando LS de A a Z

Compiz - Janelas à 360 graus no Linux

Bing: Medindo velocidade da conexão no Linux

Cadê o cubo?

Bioinformática - Instalação do Mr Bayes em ambiente paralelo

Leitura recomendada

Terminator - Multiterminais em Janela Única

Gerenciamento de programas no Ubuntu através do Synaptic

Desenvolvendo tutoriais mais dinâmicos com o Wink

Instalação do Docker no CentOS 7

Testando o Librix da Itautec

  
Comentários

Nenhum comentário foi encontrado.


Contribuir com comentário




Patrocínio

Site hospedado pelo provedor HostGator.
Linux banner
Linux banner
Linux banner

Destaques

Artigos

Dicas

Viva o Android

Tópicos

Top 10 do mês

Scripts