Com o aumento das ameaças digitais e a necessidade de proteger dados sensíveis, nem sempre a criptografia completa de disco é a melhor escolha, especialmente quando se busca desempenho.
Em computadores mais antigos ao criptografar o disco inteiro e a medida que a quantidade de arquivos aumenta, começa a apresentar demora ao iniciar.

O Fscrypt surge como uma solução prática, permitindo criptografar apenas os arquivos do usuário, reduzindo impacto e mantendo a segurança, de modo que, caso seu computador seja exposto a alguém mal intencionado, tentar copiar seus arquivos por meio de liveusb não terá acesso ao conteúdo sem a senha correta.

Aqui vai um tutorial de como instalar e ativar no Arch Linux, procure os comandos adequados caso use outra distribuição.

Começaremos instalando o pacote com:

Depois precisaremos ativar o recurso de encriptação do sistema de arquivos, o disco onde está com o Linux instalado aqui é /dev/sda2 então usaremos :

O ideal seria fazer isso na instalação antes de criar o usuário, mas seguiremos a partir deste ponto supondo que já esteja com usuário criado e com arquivos na pasta dele.
Precisaremos renomear a pasta do usuário, criar uma nova vazia, criptografar e depois de pronto mover os arquivos de volta ao lugar original.
Nesse exemplo usaremos o usuário tux e /home/tux/ como a pasta do usuário, seguiremos com:
Agora que criamos a pasta vazia e adicionamos permissões do grupo do usuário iniciamos a criptografia:

Ao ser perguntado o método de segurança escolha a opção pam e entre com a senha do usuário tux.
Agora restauraremos os arquivos para a pasta nova criptografada com:

Nesse ponto seus arquivos já estão criptografados e pode remover a pasta de backup com rm -fr /home/tux-backup.
Agora configuraremos o pam para descriptografar seu usuário automaticamente ao fazer login.  
Para isso editaremos o arquivo /etc/pam.d/system-auth adicionando as seguintes linhas no final de cada bloco respectivo:

O arquivo final deve ficar algo parecido com isso:
Ao salvar o arquivo e reiniciar, está pronto.
Quando logar no usuário tux, descriptografa automaticamente tudo sem demora aparente e caso alguém tente acessar por livecd só encontrará um monte de código sem sentido .